PDB-1v15: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v15

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A)

要素

5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'
COLICIN E9

キーワード

HYDROLASE / HOMING ENDONUCLEASES / COLICIN / HNH MOTIF / BETA-BETA-ALPHA METAL MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Mate, M.J. / Kleanthous, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure-Based Analysis of the Metal-Dependent Mechanism of H-N-H Endonucleases
著者: Mate, M.J. / Kleanthous, C.

履歴

登録	2004年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v15.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v15.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1v15_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v15_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	1v15_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	1v15_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v13C 1v14C 1emvS 1bxi 1fr2 1fsj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2n74-d 2go2-d 3rbk-2 6izj-d 4kg3-2 1l8c-d 3ixs-2 5mrr-1 4bwq-4 1okd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COLICIN E9

B: COLICIN E9

C: COLICIN E9

D: COLICIN E9

E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

G: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

H: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

I: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

J: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

K: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

L: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

80.2 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COLICIN E9

E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COLICIN E9

G: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

H: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: COLICIN E9

I: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

J: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: COLICIN E9

K: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

L: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.145, 123.310, 110.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-2022- HOH

#1: タンパク質	COLICIN E9 分子量: 15052.951 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PTRC 99A (PRJ352) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09883, deoxyribonuclease I
#2: DNA鎖	5'-D(GPCPGPAPTPCPGPCP)-3' 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE HIS 551 ALA THIS PLASMID-CODED BACTERICIDAL PROTEIN IS AN ENDONUCLEASE ACTIVE ON ...ENGINEERED RESIDUE HIS 551 ALA THIS PLASMID-CODED BACTERICIDAL PROTEIN IS AN ENDONUCLEASE ACTIVE ON BOTH SINGLE- AND DOUBLE-STRANDED DNA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9645
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9645 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25215 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0001	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMV

1emv

解像度: 2.4→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 31.98 / SU ML: 0.369 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.786 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.329	1286	5.1 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.246	23929	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3953	1168	8	132	5261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	5318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	2.232	7382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.211	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.278	24.402	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.267	15	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.355	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.198	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.16	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.386	1.5	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.675	2	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.032	3	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.589	4.5	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.379	112
R_work	0.295	1722

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4659	1.5301	-1.2928	5.3566	2.3567	3.8868	0.0421	0.9523	2.0961	-0.7762	0.2712	0.2622	-0.7935	0.4197	-0.3133	0.3821	-0.1556	-0.0783	-0.3337	0.7151	0.6858	2.6842	139.3545	12.6266
2	10.0003	-1.7996	0.0058	2.5495	1.0692	4.1547	-0.1965	1.147	0.3022	-0.1047	0.2007	-0.5289	0.1521	0.6256	-0.0042	-0.2229	-0.1774	0.0436	0.1443	0.1134	-0.3683	28.7391	109.261	11.7101
3	6.2748	-2.6004	2.0179	8.352	-0.3079	4.6038	0.093	-0.633	-1.442	0.5179	0.2164	0.2091	0.4549	0	-0.3094	-0.2021	-0.0005	0.0529	-0.2817	0.2519	-0.2796	1.379	82	42.7462
4	10.6162	2.4452	0.6434	4.4409	0.4084	3.8504	-0.1419	-0.6965	0.1606	0.3933	-0.2595	-1.0315	-0.3994	0.4088	0.4014	-0.2153	-0.063	-0.1691	-0.0614	0.1481	-0.2036	29.2756	113.2386	42.5404
5	8.9769	-4.2554	-2.1851	7.4018	0.6632	8.3731	-0.2823	0.1106	1.5442	0.4936	0.0002	-0.5996	-0.4517	0.5186	0.2821	-0.0654	-0.1496	-0.1408	-0.2776	0.3119	0.2381	11.7349	128.5376	19.8311
6	8.9179	4.1143	3.5356	9.3933	1.1976	3.7084	-0.1932	0.2712	-0.4719	0.4292	-0.0348	-0.4672	-0.043	0.2547	0.228	-0.3017	-0.1473	0.1309	-0.2461	0.0013	-0.3765	16.7435	100.3148	19.3301
7	8.0623	4.7568	1.9884	4.4257	-1.5643	9.2597	-0.3973	0.2757	-0.9552	-0.4628	0.0467	-1.1781	-0.367	0.6447	0.3506	-0.2887	-0.0518	0.0659	-0.3234	0.0744	-0.356	11.9705	94.1458	35.4347
8	11.3082	-0.6132	-2.5184	7.9994	-2.7837	3.8858	0.1357	-0.0925	1.8023	-0.0406	-0.346	-0.1874	-0.6337	-0.4078	0.2103	-0.1408	0.0659	-0.1629	-0.3169	-0.0327	0.0223	17.0168	122.4597	35.5823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	9 - 16
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 8
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	9 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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