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- PDB-1v0l: Xylanase Xyn10A from Streptomyces lividans in complex with xylobi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v0l
タイトルXylanase Xyn10A from Streptomyces lividans in complex with xylobio-isofagomine at pH 5.8
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 10 / XYLANASE / XYLAN DEGRADATION / ISOFAGOMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PIPERIDINE-3,4-DIOL / beta-D-xylopyranose / Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Gloster, T.M. / Williams, S.J. / Roberts, S. / Tarling, C.A. / Wicki, J. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2004
タイトル: Atomic Resolution Analyses of the Binding of Xylobiose-Derived Deoxynojirimycin and Isofagomine to Xylanase Xyn10A
著者: Gloster, T.M. / Williams, S.J. / Roberts, S. / Tarling, C.A. / Wicki, J. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
履歴
登録2004年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3973
ポリマ－34,1291
非ポリマー2672
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.018, 46.098, 86.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A / XYLANASE A / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE A


分子量: 34129.457 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 42-354 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
発現宿主: STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア) / 株 (発現宿主): IAF 19 / 参照: UniProt: P26514, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-XIF / PIPERIDINE-3,4-DIOL / XYLOSE-DERIVED ISOFAGOMINE / 3β,4α-ピペリジンジオ-ル


分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#3: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CONTRIBUTES TO THE HYDROLYSIS OF HEMICELLULOSE, WHICH IS THE MAJOR COMPONENT OF PLANT CELL-WALLS. ...CONTRIBUTES TO THE HYDROLYSIS OF HEMICELLULOSE, WHICH IS THE MAJOR COMPONENT OF PLANT CELL-WALLS. XLNA AND XLNB SEEM TO ACT SEQUENTIALLY ON THE SUBSTRATE TO YIELD XYLOBIOSE AND XYLOSE AS CARBON SOURCES.
Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST 41 RESIDUES IN THE DATABASE CORRESPOND TO THE SIGNAL PEPTIDE. THE NUMBERING USED IN THE ...THE FIRST 41 RESIDUES IN THE DATABASE CORRESPOND TO THE SIGNAL PEPTIDE. THE NUMBERING USED IN THE PDB FILE IS AFTER CLEAVAGE OF THE SIGNAL PEPTIDE. RESIDUE 1 AND THE LAST 11 RESIDUES ARE TOO DISORDERED TO BE BUILT IN DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING MODEL
結晶化pH: 5.8
詳細: 20 MG/ML PROTEIN, 0.1 M MES 18% PEG 5KMME, 7.5% ISOPROPANOL, pH 5.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9168
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月15日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9168 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→30 Å / Num. obs: 140638 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 0.98→2.02 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OD8

1od8


解像度: 0.98→26.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 1 AND THE LAST 11 RESIDUES ARE TOO DISORDERED TO BE BUILT IN DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.137 6992 5 %RANDOM
Rwork0.118 ---
obs0.119 133506 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→26.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2331 0 17 641 2989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.9063524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88135246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4165317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.91915423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3270.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.22299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1330.21276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.350.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.741.52018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10622571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62231185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3654.5951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 0.98→1.01 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.169 510
Rwork0.156 9127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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