[日本語] English
万見
- PDB-1v05: Dimerization of human Filamin C: crystal structure of the domain 24 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v05
タイトルDimerization of human Filamin C: crystal structure of the domain 24
要素FILAMIN C
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell-extracellular matrix interactions / costamere / ankyrin binding / sarcomere organization / sarcoplasm / intercellular bridge / cytoskeletal protein binding / sarcolemma / Z disc / actin filament binding ...Cell-extracellular matrix interactions / costamere / ankyrin binding / sarcomere organization / sarcoplasm / intercellular bridge / cytoskeletal protein binding / sarcolemma / Z disc / actin filament binding / cytoskeleton / focal adhesion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Pudas, R. / Kiema, T.-R. / Ylanne, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Vertebrate Filamin Dimerization
著者: Pudas, R. / Kiema, T.-R. / Butler, P.J.G. / Stewart, M. / Ylanne, J.
履歴
登録2004年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FILAMIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3831
ポリマ－10,3831
非ポリマー00
水1,31573
1
A: FILAMIN C

A: FILAMIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7662
ポリマ－20,7662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.099, 48.099, 117.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 FILAMIN C / GAMMA-FILAMIN / FILAMIN 2 / PROTEIN FLNC / ABP-L ABP-280-LIKE PROTEIN / ACTIN-BINDIN LIKE PROTEIN


分子量: 10382.994 Da / 分子数: 1 / 断片: ROD DOMAIN, RESIDUES 2633-2725 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14315
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.6M NA CITRATE, 0.1M HEPES, PH7.5, pH 7.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.802
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→20 Å / Num. obs: 15602 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 19.177 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 1.43→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 13 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.43→17.73 Å / SU B: 1.061 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20498 1560 10 %RANDOM
Rwork0.18579 ---
obs0.18771 14038 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→17.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数725 0 0 73 798

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る