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- PDB-1uzv: High affinity fucose binding of Pseudomonas aeruginosa lectin II:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uzv
タイトルHigh affinity fucose binding of Pseudomonas aeruginosa lectin II: 1.0 A crystal structure of the complex
要素PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN II
キーワードLECTIN / FUCOSE / CALCIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium-mediated lectin / Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Mitchell, E. / Sabin, C.D. / Snajdrova, L. / Budova, M. / Perret, S. / Gautier, C. / Gilboa-Garber, N. / Koca, J. / Wimmerova, M. / Imberty, A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: High Affinity Fucose Binding of Pseudomonas Aeruginosa Lectin Pa-Iil: 1.0 A Resolution Crystal Structure of the Complex Combined with Thermodynamics and Computational Chemistry Approaches.
著者: Mitchell, E.P. / Sabin, C. / Snajdrova, L. / Pokorna, M. / Perret, S. / Gautier, C. / Hofr, C. / Gilboa-Garber, N. / Koca, J. / Wimmerova, M. / Imberty, A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural Basis for Oligosaccharide-Mediated Adhesion of Pseudomonas Aeruginosa in the Lungs of Cystic Fibrosis Patients
著者: Mitchell, E. / Houles, C. / Sudakevitz, D. / Wimmerova, M. / Gautier, C. / Perez, S. / Wu, A.M. / Gilboa-Garber, N. / Imberty, A.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN II
B: PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN II
C: PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN II
D: PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,10818
ポリマ－46,9394
非ポリマー1,16914
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.735, 72.827, 54.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN II / HYPOTHETICAL PROTEIN PA3361


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.1 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT WAS USED TO DETERMINE CA ION POSITIONS AND SUBSEQUENT AB INITIO PHASING. DATA WERE COLLECTED IN TWO SECTIONS, ONE SWEEP FOR HIGH RESOLUTION DATA AND ANOTHER FOR LOW RESOLUTION DATA.
結晶化pH: 8.5
詳細: TRIS HCL 0.1M, PH8.5, 1.75 M AMMONIUM SULFATE, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9326
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→29.88 Å / Num. obs: 216831 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
ACORN位相決定
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PSEUDOMONAS AERUGINOSA LECTIN

解像度: 1→30 Å / Num. parameters: 35194 / Num. restraintsaints: 45801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: INITIAL REFINEMENT WITH REFMAC5 AND THEN SHELX-97 WITH ANISOTROPIC REFINEMENT USING ALL REFLECTIONS (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1351 4332 -RANDOM
obs0.1146 -95.8 %-
all-212499 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 27 / Occupancy sum hydrogen: 2991.64 / Occupancy sum non hydrogen: 4024.72
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 62 682 4052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0342
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.102
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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