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- PDB-1uzr: Crystal Structure of the Class Ib Ribonucleotide Reductase R2F-2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uzr
タイトルCrystal Structure of the Class Ib Ribonucleotide Reductase R2F-2 subunit from Mycobacterium tuberculosis
要素RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
キーワードREDUCTASE / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / TUBERCULOSIS / R2F-2 / RADICAL GENERATION / SMALL SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily ...Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Uppsten, M. / Davis, J. / Rubin, H. / Uhlin, U.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Biologically Active Form of Class Ib Ribonucleotide Reductase Small Subunit from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Uppsten, M. / Davis, J. / Rubin, H. / Uhlin, U.
履歴
登録2004年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,71415
ポリマ－101,5263
非ポリマー1,18812
水7,044391
1
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,47610
ポリマ－67,6842
非ポリマー7928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子

B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,47610
ポリマ－67,6842
非ポリマー7928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)161.492, 161.492, 115.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.51235, 0.0328, 0.8514), (0.047, -0.9988, 0.0096), (0.857, 0.035, -0.5245)24.645, 51.2306, -46.7655
2given(0.4479, 0.0684, -0.8914), (0.0484, -0.9975, -0.0522), (-0.8927, -0.0198, -0.4501)53.3954, 107.0453, 93.7691

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE R2-2 / BETA SUBUNIT


分子量: 33842.078 Da / 分子数: 3 / 断片: RADICAL GENERATING SUBUNIT, RESIDUES 1-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q50549, UniProt: P9WH71*PLUS, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: 0.6 M AMSO4, 100MM NACT PH 5.6, 50MM NA/K TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED HIGH RESOLUTION SI (311) AND LOWER RESOLUTION SI (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 77125 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.84 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R2F

1r2f


解像度: 2.2→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.876 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3870 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 73204 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6905 0 63 391 7359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0217107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.851.969653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973314746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9745850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.27094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.23966
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0770.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3550.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0131.54251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94726868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19132856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.354.52785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.329 274
Rwork0.279 5123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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