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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uzr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Class Ib Ribonucleotide Reductase R2F-2 subunit from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-2 SMALL SUBUNIT | ||||||
![]() | REDUCTASE / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / TUBERCULOSIS / R2F-2 / RADICAL GENERATION / SMALL SUBUNIT | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA replication / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Uppsten, M. / Davis, J. / Rubin, H. / Uhlin, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Biologically Active Form of Class Ib Ribonucleotide Reductase Small Subunit from Mycobacterium Tuberculosis 著者: Uppsten, M. / Davis, J. / Rubin, H. / Uhlin, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1r2fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33842.078 Da / 分子数: 3 / 断片: RADICAL GENERATING SUBUNIT, RESIDUES 1-296 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q50549, UniProt: P9WH71*PLUS, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 % |
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: 0.6 M AMSO4, 100MM NACT PH 5.6, 50MM NA/K TARTRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED HIGH RESOLUTION SI (311) AND LOWER RESOLUTION SI (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 77125 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.84 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 93.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1R2F 解像度: 2.2→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.876 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→111.8 Å
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拘束条件 |
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