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- PDB-1uyn: Translocator domain of autotransporter NalP from Neisseria mening... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uyn
タイトルTranslocator domain of autotransporter NalP from Neisseria meningitidis
要素NALP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AUTOTRANSPORTER / TRANSLOCATOR DOMAIN / OUTER MEMBRANE / BETA-DOMAIN / BETA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Autotransporter serine protease peptidase domain / Autotransporter-associated beta strand repeat / Passenger-associated-transport-repeat / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Autotransporter serine protease peptidase domain / Autotransporter-associated beta strand repeat / Passenger-associated-transport-repeat / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / Neisserial autotransporter lipoprotein NalP
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Oomen, C.J. / Van Ulsen, P. / Van Gelder, P. / Feijen, M. / Tommassen, J. / Gros, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of the Translocator Domain of a Bacterial Autotransporter
著者: Oomen, C.J. / Van Ulsen, P. / Van Gelder, P. / Feijen, M. / Tommassen, J. / Gros, P.
履歴
登録2004年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: NALP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4184
ポリマ－31,8471
非ポリマー5713
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.970, 57.970, 346.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NALP / OUTER MEMBRANE PROTEIN


分子量: 31847.115 Da / 分子数: 1
断片: OUTER MEMBRANE TRANSLOCATOR DOMAIN, RESIDUES 776-1083
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
株: H44/76 / 解説: OUTER MEMBRANE. REFOLDED PROTEIN / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GKS5
#2: 化合物 ChemComp-CXE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / ペンタエチレングリコ-ルモノデシルエ-テル


分子量: 378.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化pH: 4
詳細: 200 MM LI2SO4, 100 MM NA CIT BUFFER, PH 4.0, 9% PEG 1000. PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN THE PRESENCE OF 0.06% N-DECYLPENTAOXYETHYLENE AND 0.5% HEPTYL-B-GLUCOPYRANOSIDE
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
117 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
30.06 %(w/v)1dropC10E5
40.5 %(w/v)heptyl-beta-glucopyranoside1drop
59 %(w/v)PEG10001reservoir
6200 mMlithium sulfate1reservoir
7100 mMsodium citrate1reservoirpH4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器日付: 2002年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 10715 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. measured all: 97916 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 9.781 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 565 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.231 10715 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20.68 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 36 29 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.9532794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06634279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8625276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.22206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8061.51349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53822097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4293729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1024.5697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 41
Rwork0.225 670
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.794 Å / Origin y: 18.893 Å / Origin z: 181.791 Å
111213212223313233
T0.1301 Å20.0139 Å20.0035 Å2-0.1817 Å2-0.1119 Å2--0.07 Å2
L1.8795 °2-0.1156 °2-0.1926 °2-1.3636 °20.5546 °2--3.372 °2
S-0.0006 Å °0.0024 Å °-0.1172 Å °0.0389 Å °-0.0882 Å °0.0422 Å °0.3152 Å °0.2484 Å °0.0888 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X785 - 1084
2X-RAY DIFFRACTION1X2085
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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