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- PDB-1ux2: X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ux2
タイトルX-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP)
要素ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
キーワードGLYCOPROTEIN / PENTAMER / IGG FOLD / ACETYLCHOLINE / NICOTINE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Van Rossum-fikkert, S.E. / Van Dijk, W.J. / Brejc, K. / Smit, A.B. / Sixma, T.K.
引用
ジャーナル: Neuron / 年: 2004
タイトル: Nicotine and Carbamylcholine Binding to Nicotinic Acetylcholine Receptors as Studied in Achbp Crystal Structures
著者: Celie, P.H.N. / Van Rossum-Fikkert, S.E. / Van Dijk, W.J. / Brejc, K. / Smit, A.B. / Sixma, T.K.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of an Ach-Binding Protein Reveals the Ligand-Binding Domain of Nicotinic Receptors
著者: Brejc, K. / Van Dijk, W.J. / Klaassen, R. / Schuurmans, M. / Van Der Oost, J. / Smit, A.B. / Sixma, T.K.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: A Glia-Derived Acetylcholine-Binding Protein that Modulates Synaptic Transmission
著者: Smit, A.B. / Syed, N.I. / Schaap, D. / Van Minnen, J. / Klumperman, J. / Kits, K.S. / Lodder, H. / Van Der Schors, R.C. / Van Elk, R. / Sorgedrager, B. / Brejc, K. / Sixma, T.K. / Geraerts, W.P.M.
履歴
登録2004年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,63134
ポリマ－241,24810
非ポリマー4,38324
水25,3111405
1
A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,81517
ポリマ－120,6245
非ポリマー2,19112
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,81517
ポリマ－120,6245
非ポリマー2,19112
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.639, 140.639, 238.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.30253, -0.95314, -0.00073), (0.95289, 0.30247, -0.02251), (0.02168, 0.00611, 0.99975)73.12951, -9.99818, -1.23939
2given(-0.80879, -0.58776, 0.01978), (0.58728, -0.80898, -0.02552), (0.031, -0.00902, 0.99948)105.0232, 55.27438, -1.14149
3given(-0.804, 0.5939, 0.02955), (-0.5944, -0.80409, -0.01157), (0.01689, -0.02686, 0.9995)51.89292, 106.27448, 0.21597
4given(0.29742, 0.95454, 0.01998), (-0.95473, 0.29723, 0.0119), (0.00542, -0.02262, 0.99973)-12.5041, 72.48873, 0.81411
5given(0.00246, 0.99986, -0.0163), (0.99997, -0.00235, 0.0068), (0.00676, -0.01631, -0.99984)1.46616, -0.39631, 121.06586
6given(0.94793, 0.31525, -0.04525), (0.31571, -0.94885, 0.00327), (-0.0419, -0.01739, -0.99897)-8.77702, 71.96313, 123.07487
7given(0.59264, -0.80425, -0.04412), (-0.80409, -0.59394, 0.02591), (-0.04704, 0.02012, -0.99869)56.37846, 104.54358, 121.70767
8given(-0.58886, -0.80773, -0.02859), (-0.80819, 0.58809, 0.03121), (-0.00839, 0.04148, -0.9991)107.6067, 51.93881, 119.2374
9given(-0.95509, 0.29629, -0.00356), (0.29614, 0.95488, 0.0226), (0.0101, 0.02053, -0.99974)73.8439, -12.796, 119.18816

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / ACH-BINDING PROTEIN / ACHBP


分子量: 24124.783 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物) / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS 115 / 参照: UniProt: P58154
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1419分子

#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 8 / 詳細: TRIS PH 8.0, AMMONIUM SULFATE
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.4 Mammonium sulfate1reservoir
21 %PEG2001reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.0
40.1 MTris1droppH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 236373 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I9B

1i9b


解像度: 2.2→12 Å / SU B: 7.866 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.232
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28381 10023 7.3 %RANDOM
Rwork0.23583 ---
obs0.23948 184182 84.15 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16515 0 274 1405 18194
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 12 Å / Num. reflection obs: 127031 / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.32

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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