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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uwb | ||||||
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タイトル | TYR 181 CYS HIV-1 RT/8-CL TIBO | ||||||
![]() | (REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
![]() | ASPARTYL PROTEASE / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ENDONUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / TYR181CYS HIV-1 RT/8-CL TIBO / DRUG-RESISTANT MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Arnold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO complexed with wild-type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT drug-resistant mutant. 著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ![]() タイトル: Targeting HIV Reverse Transcriptase for Anti-Aids Drug Design: Structural and Biological Considerations for Chemotherapeutic Strategies 著者: Arnold, E. / Das, K. / Ding, J. / Yadav, P.N. / Hsiou, Y. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. #2: ![]() タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Junior, A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ![]() タイトル: Insights Into DNA Polymerization Mechanisms from Structure and Function Analysis of HIV-1 Reverse Transcriptase 著者: Patel, P.H. / Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Tantillo, C. / Clark Junior, A.D. / Raag, R. / Nanni, R.G. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / al., et #5: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #6: ![]() タイトル: Locations of Anti-Aids Drug Binding Sites and Resistance Mutations in the Three-Dimensional Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase. Implications for Mechanisms of Drug Inhibition and Resistance 著者: Tantillo, C. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Pauwels, R. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Arnold, E. #7: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA 著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / al., et | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 719.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 789.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64214.621 Da / 分子数: 1 / 変異: Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: 293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49851.328 Da / 分子数: 1 / 変異: Y181C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: 293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-TBO / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Clark, A.D., (1995) Methods Enzymol., 262, 171. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1996年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 2.62 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 23319 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 61059 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rfree error: 0.011 / 最高解像度: 3.2 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 10 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 69.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / σ(F): 1 / Rfactor Rfree: 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.36 |