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- PDB-1uv7: periplasmic domain of EpsM from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uv7
タイトルperiplasmic domain of EpsM from Vibrio cholerae
要素GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN M
キーワードTRANSPORT / GENERAL SECRETION PATHWAY / VIBRIO CHOLERAE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspM / Type II secretion system protein GspM, periplasmic domain superfamily / Type II secretion system (T2SS), protein M / General secretion pathway protein M, EpsM / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system protein M
類似検索 - 構成要素
生物種VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Abendroth, J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of the Periplasmic Domain of the Type II Secretion System Protein Epsm from Vibrio Cholerae: The Simplest Version of the Ferredoxin Fold
著者: Abendroth, J. / Rice, A. / Mcluskey, K. / Bagdasarian, M. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2004年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN M
B: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2802
ポリマ－25,2802
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.879, 52.879, 112.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.60938, -0.79177, 0.04179), (-0.792, 0.6054, -0.07888), (0.03716, -0.08117, -0.99601)
ベクター: 78.71606, 39.90469, 18.97545)

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要素

#1: タンパク質 GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN M / CHOLERA TOXIN SECRETION PROTEIN EPSM


分子量: 12639.798 Da / 分子数: 2 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 65-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / プラスミド: PET21D(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41851
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細REQUIRED FOR SECRETION OF CHOLERA TOXIN THROUGH THE OUTER MEMBRANE.
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 166 TO 173 IN THE SEQRES RECORDS GIVEN BELOW ARE FROM THE HIS-TAG USED FOR THE EXPRESSION ...RESIDUES 166 TO 173 IN THE SEQRES RECORDS GIVEN BELOW ARE FROM THE HIS-TAG USED FOR THE EXPRESSION OF THE PROTEIN. RESIDUE 64 IS THE INITIAL EXPRESSION METHIONINE RESIDUE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.4 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 6-12MG/ML PROTEIN IN 20MM TRIS PH8, 150MM NACL, 1MM TCEP; RESERVOIR: 2.4-3.0M SODIUM MALONATE, 100MM TRIS PH~8; CRYSTALLISATION: 1.5MKL PROTEIN + 1.5MKL RESERVIOR, 4C, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9791,0.9795,0.9686
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97951
30.96861
反射解像度: 1.7→15.29 Å / Num. obs: 20676 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.61 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.489 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERM 65-85 DISORDERED, LOOP 149-152 DISORDERED, HIS6-TAG DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1027 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs-19604 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0.21 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 0 70 1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3021.9481704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06832820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4695146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.21415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3050.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.521.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.721232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7063512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9264.5472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.274 62
Rwork0.262 1410
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.23730.885-2.69845.43392.98327.0751-0.0268-0.10020.32890.0729-0.05850.62170.0438-0.43460.08530.03970.00490.03760.12420.02290.124828.0124.960316.6642
25.41773.37340.36366.4544-2.30035.6229-0.29420.33920.0964-0.34220.2726-0.0987-0.30540.33890.02160.1114-0.07790.03830.0722-0.01360.022942.356731.46741.27
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2B86 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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