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万見
- PDB-1uud: NMR structure of a synthetic small molecule, rbt203, bound to HIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uud
タイトルNMR structure of a synthetic small molecule, rbt203, bound to HIV-1 TAR RNA
要素RNA (5'-(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP *CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*C) -3')
キーワードHIV-1 / TAR RNA / DRUG DESIGN / LIGAND-RNA INTERACTION / RNA BULGE
機能・相同性Chem-P14 / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / NOE-RESTRAINED DYNAMICS
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Davis, B. / Afshar, M. / Varani, G. / Karn, J. / Murchie, A.I.H. / Lentzen, G. / Drysdale, M.J. / Potter, A.J. / Bower, J. / Aboul-Ela, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Rational Design of Inhibitors of HIV-1 Tar RNA Through the Stabilisation of Electrostatic "Hot Spots"
著者: Davis, B. / Afshar, M. / Varani, G. / Murchie, A.I.H. / Karn, J. / Lentzen, G. / Drysdale, M.J. / Bower, J. / Potter, A.J. / Aboul-Ela, F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Structure of the Human Immunodeficiency Virus Recognition by Tat Protein
著者: Aboul-Ela, F. / Jkarn, J. / Varani, G.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (5'-(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP *CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*C) -3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6612
ポリマ－9,3081
非ポリマー3531
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50LEAST RESTRRAINT VIOLATION ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP *CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*C) -3') / HIV-1 TAR RNA


分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 29 NUCLEOTIDE SEQUENCE COMPRISING PRIMARY BINDING SITE OF HIV-1 TAT, SYNTHESIZED USING T7 RNA POLYMERASE OFF OF A DNA TEMPLATE
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (CLONE 12) (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-P14 / N-[2-(2-{[(4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}BUTYL)AMINO]METHYL}-4-METHOXYPHENOXY)ETHYL]GUANIDINE / RBT203 INHIBITOR


分子量: 353.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31N7O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131COSY
141ROESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY, DETECTING INTERMOLECULAR NOES. RNA INTRAMOLECULAR RESTRAINTS WERE AS IN ABOUL-ELA ET AL, JMB 1995, AS THE NMR SPECTRA FOR THE ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY, DETECTING INTERMOLECULAR NOES. RNA INTRAMOLECULAR RESTRAINTS WERE AS IN ABOUL-ELA ET AL, JMB 1995, AS THE NMR SPECTRA FOR THE RNA AS ABOUND BY THE LIGAND RBT203 SHOWED SIMILAR NOE AND CHEMICAL SHIFT PATTERNS TO THE LATTER

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試料調製

試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DMXBrukerDMX6003
Bruker AMXBrukerAMX5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
XPLOR/CHARMM構造決定
精密化手法: NOE-RESTRAINED DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT INCLUDED A NUMBER OF MODELLING CONSTRAINTS BASED UPON PREVIOUSLY PUBLISHED DATA, AS WELL AS FINAL GENTLE REFINEMENT STEP USING CHARMM. DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRRAINT VIOLATION ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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