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- PDB-1utg: REFINEMENT OF THE C2221 CRYSTAL FORM OF OXIDIZED UTEROGLOBIN AT 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1utg
タイトルREFINEMENT OF THE C2221 CRYSTAL FORM OF OXIDIZED UTEROGLOBIN AT 1.34 ANGSTROMS RESOLUTION
要素UTEROGLOBIN
キーワードSTEROID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 inhibitor activity / steroid binding / signal transduction / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Secretoglobin / Uteroglobin / Secretoglobin family 1C-like / Uteroglobin / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Secretoglobin superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Morize, I. / Surcouf, E. / Vaney, M.C. / Buehner, M. / Mornon, J.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Refinement of the C222(1) crystal form of oxidized uteroglobin at 1.34 A resolution.
著者: Morize, I. / Surcouf, E. / Vaney, M.C. / Epelboin, Y. / Buehner, M. / Fridlansky, F. / Milgrom, E. / Mornon, J.P.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1988
タイトル: Evidence for the Identity of Anti-Proteinase Pulmonary Protein Ccsp and Uteroglobin
著者: Lopez Deharo, M.S. / Alvarez, L. / Nieto, A.
#2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1987
タイトル: Purification, Characterization and Proteinase-Inhibitory Activity of a Clara-Cell Secretory Protein from the Pulmonary Extracellular Lining of Rabbits
著者: Gupta, R.P. / Patton, S.E. / Jetten, A.M. / Hook, G.E.R.
#3: ジャーナル: Endocr.Rev. / 年: 1987
タイトル: Uteroglobin. Structure, Molecular Biology, and New Perspectives on its Function as a Phospholipasea2 Inhibitor
著者: Miele, L. / Cordella-Miele, E. / Mukherjee, A.B.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Use of Molecular Replacement in the Structure Determination of the P21212 and the P21 (Pseudo P21212) Crystal Forms of Oxidized Uteroglobin
著者: Buehner, M. / Lifchitz, A. / Bally, R. / Mornon, J.P.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: X-Ray Crystallographic Analysis of a Progesterone-Binding Protein. The C 2 2 21 Crystal Form of Oxidized Uteroglobin at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Mornon, J.P. / Fridlansky, F. / Bally, R. / Milgrom, E.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Characterization of Two New Crystal Forms of Uteroglobin
著者: Mornon, J.P. / Bally, R. / Fridlansky, F. / Milgrom, E.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: X-Ray Analysis of a Progesterone-Binding Protein (Uteroglobin). Preliminary Results
著者: Mornon, J.P. / Surcouf, E. / Bally, R. / Fridlansky, F. / Milgrom, E.
履歴
登録1989年4月3日処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTEROGLOBIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9101
ポリマ－7,9101
非ポリマー00
水1,49583
1
A: UTEROGLOBIN

A: UTEROGLOBIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8212
ポリマ－15,8212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area2930 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.860, 52.220, 47.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: SEE REMARK 5.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-147-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UTEROGLOBIN


分子量: 7910.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P02779
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE SECONDARY STRUCTURE CONSISTS OF FOUR ALPHA-HELICES AND ONE BETA-TURN PER MONOMER. A CAVITY ...THE SECONDARY STRUCTURE CONSISTS OF FOUR ALPHA-HELICES AND ONE BETA-TURN PER MONOMER. A CAVITY EXISTS IN THE DIMER, BETWEEN THE TWO MONOMERS. ITS LENGTH IS 15.6 ANGSTROMS AND ITS WIDTH IS 9. ANGSTROMS. 14 WATER MOLECULES POSITIONS COULD BE RECOGNISED AS DISORDERED INSIDE THE CAVITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: took from Mornon et al., from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
350 mM1dropNaCl
4ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.34 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. obs: 7509 / Rmerge(I) obs: 0.089

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.23 / 最高解像度: 1.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数548 0 0 83 631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.016
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2040.13
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2790.35
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.130.35
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1770.35
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.12.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 14227 / Rfactor obs: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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