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- PDB-1usx: Crystal structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1usx
タイトルCrystal structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase complexed with thiosialoside
要素HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
キーワードHYDROLASE / NEURAMINIDASE / HEMAGGLUTININ / SIALIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種NEWCASTLE DISEASE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zaitsev, V. / Itzstein, M. / Groves, D. / Kiefel, M. / Takimoto, T. / Portner, A. / Taylor, G.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004
タイトル: Second Sialic Acid Binding Site in Newcastle Disease Virus Hemagglutinin-Neuraminidase: Implications for Fusion
著者: Zaitsev, V. / Von Itzstein, M. / Groves, D. / Kiefel, M. / Takimoto, T. / Portner, A. / Taylor, G.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Multifunctional Paramyxovirus Hemagglutinin-Neuraminidase
著者: Crennell, S. / Takimoto, T. / Portner, A. / Taylor, G.
#2: ジャーナル: Virology / 年: 2000
タイトル: Crystallization of Newcastle Disease Virus Hemagglutinin-Neuraminidase Glycoprotein
著者: Takimoto, T. / Taylor, G.L. / Crennell, S.J. / Scroggs, R.A. / Portner, A.
履歴
登録2003年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22020年3月4日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
B: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
C: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,9499
ポリマ－149,5713
非ポリマー2,3786
水00
1
A: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
B: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2996
ポリマ－99,7142
非ポリマー1,5864
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29810 Å2
手法PISA
2
C: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子

C: HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2996
ポリマ－99,7142
非ポリマー1,5864
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area6250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.070, 115.070, 283.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.70224, 0.7046, 0.10202), (0.70315, -0.70886, 0.05568), (0.11155, 0.03264, -0.99322)
ベクター: -0.20411, 0.26087, 0.6262)

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要素

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE GLYCOPROTEIN


分子量: 49856.910 Da / 分子数: 3 / 断片: HEAD DOMAIN, RESIDUES 124-577 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NEWCASTLE DISEASE VIRUS (ウイルス) / 株: KANSAS / 参照: UniProt: P32884, exo-alpha-sialidase
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-methyl 6-thio-beta-D-galactopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 501.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_1*OC][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Galp6SH]{[(6+S)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
pH: 6.3 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
2100 mMthiosialoside1reservoir
30.1 MHEPES1reservoir
420 %PEG33501reservoir
50.1 MHEPES1reservoirpH6.3
62 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 43065 / % possible obs: 81.5 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 71.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 39099 / % possible obs: 90.4 % / Num. measured all: 454555 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8V

1e8v


解像度: 2.7→12 Å / Data cutoff high absF: 1000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2095 4 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 41877 79.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.8 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å20 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3----4.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10338 0 159 0 10497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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