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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uro | ||||||
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タイトル | UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE | ||||||
![]() | PROTEIN (UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE) | ||||||
![]() | LYASE / DECARBOXYLASE / ALPHA-8-BETA-8 BARREL / HEME BIOSYNTHESIS / PORPHYRIN / UROPORPHYRINOGEN | ||||||
機能・相同性 | ![]() porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whitby, F.G. / Phillips, J.D. / Kushner, J.P. / Hill, C.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human uroporphyrinogen decarboxylase. 著者: Whitby, F.G. / Phillips, J.D. / Kushner, J.P. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40831.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BME / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: CITRATE BUFFER, pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月6日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 42721 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 91.7 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 156721 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 2.5 % |