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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uqt | ||||||
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タイトル | Trehalose-6-phosphate from E. coli bound with UDP-2-fluoro glucose. | ||||||
要素 | ALPHA, ALPHA-TREHALOSE-PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | SYNTHASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trehalose metabolism in response to cold stress / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / response to stress / response to osmotic stress / DNA damage response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gibson, R.P. / Tarling, C.A. / Roberts, S. / Withers, S.G. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2004 タイトル: The donor subsite of trehalose-6-phosphate synthase: binary complexes with UDP-glucose and UDP-2-deoxy-2-fluoro-glucose at 2 A resolution. 著者: Gibson, R.P. / Tarling, C.A. / Roberts, S. / Withers, S.G. / Davies, G.J. #1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002 タイトル: Insights Into Trehalose Synthesis Provided by the Structure of the Retaining Glycosyltransferase Otsa 著者: Gibson, R.P. / Turkenburg, J.P. / Charnock, S.J. / Lloyd, R. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uqt.cif.gz | 190.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uqt.ent.gz | 150.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uqt_validation.pdf.gz | 1019.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1uqt_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1uqt_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uqt_validation.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/1uqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/1uqt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.87957, -0.47576, -0.00329), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54747.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 解説: C-TERMINAL 6XHIS-TAG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P31677, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | MODIFIED C-TERMINAL FOR OVER-EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 30% PEG 4000, 200MM AMMONIUM ACETATE, 100MM TRISHCL PH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / タイプ: ESRF / 波長: 0.933 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 67542 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.66 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GZ5 解像度: 2→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.832 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å
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拘束条件 |
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