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- PDB-1upr: Crystal structure of the PEPP1 pleckstrin homology domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upr
タイトルCrystal structure of the PEPP1 pleckstrin homology domain in complex with Inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate
要素PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN-CONTAINING FAMILY A MEMBER 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOSPHOINOSITIDE BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PKHA4-7, PH domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Milburn, C.C. / Komander, D. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Pleckstrin Homology Domain of Pepp1
著者: Milburn, C.C. / Komander, D. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2003年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN-CONTAINING FAMILY A MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6422
ポリマ－14,1421
非ポリマー5001
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.577, 92.577, 35.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN-CONTAINING FAMILY A MEMBER 4 / PEPP1 / PH DOMAIN-CONTAINING FAMILY A MEMBER 4 /


分子量: 14142.014 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 45-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX4-T1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H4M7
#2: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 16% PEG 20,000, 0.1 M MES (PH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97668
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97668 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→30 Å / Num. obs: 7339 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UPQ

1upq


解像度: 2.27→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 7.242 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 499 7 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.24 6628 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.99 Å20 Å20 Å2
2---2.99 Å20 Å2
3---5.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 28 29 937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9871244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5153106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.74915155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.3367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7651.5531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4122846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9873381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0514.5398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 36
Rwork0.326 443
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7803 Å / Origin y: 32.2178 Å / Origin z: 4.2185 Å
111213212223313233
T0.087 Å20.0106 Å20.0006 Å2-0.0974 Å2-0.0023 Å2--0.0001 Å2
L2.2263 °2-0.0272 °2-0.2644 °2-4.0075 °20.1799 °2--0.9625 °2
S-0.0051 Å °0.0651 Å °0.0242 Å °0.0664 Å °-0.0049 Å °0.0452 Å °0.0126 Å °-0.0361 Å °0.0099 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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