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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1upp | ||||||
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タイトル | SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH 2-CARBOXYARABINITOL 2 BISPHOSPHATE and Calcium. | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE / CARBON-CARBON / OXIDOREDUCTASE / PHOTOSYNTHESIS / CARBON-DIOXIDE FIXATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Andersson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Calcium Supports Loop Closure But not Catalysis in Rubisco 著者: Karehabadi, S. / Taylor, T.C. / Andersson, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1upp.cif.gz | 472.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1upp.ent.gz | 399.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1upp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/1upp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/1upp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52849.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 14638.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: THIS IS THE SECOND STRUCTURE OF THIS COMPLEX THAT IS BEING SUBMITTED. THE PREVOUS STRUCTURE, PDB ID CODE 1UPM, WAS OBTAINED FROM A CRYSTAL OF RUBISCO-CA COOCRYSTALLIZED WITH 2-CABP WHERAS ...詳細: THIS IS THE SECOND STRUCTURE OF THIS COMPLEX THAT IS BEING SUBMITTED. THE PREVOUS STRUCTURE, PDB ID CODE 1UPM, WAS OBTAINED FROM A CRYSTAL OF RUBISCO-CA COOCRYSTALLIZED WITH 2-CABP WHERAS THIS STRUCTURE IS FROM A RUBISCO-CA/3PGA CRYSTAL WHICH WAS SOAKED WITH 2-CABP 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: Q43832, ribulose-bisphosphate carboxylase #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 糖 | ChemComp-CAP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RUBISCO CATALYZES THE CARBOXYLATION OF D-RIBULOSE 1,5- BISPHOSPHATE AS WELL AS THE OXIDATIVE ...RUBISCO CATALYZES THE CARBOXYLAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: 10% PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.8, 10 MM CACL2, 0.2 M NACL, 50 MM NAHCO3, 0.1 M 3PGA THEN SOAKED IN 2-CABP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 279 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9386 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9386 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 108187 / % possible obs: 76.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 70 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 108187 / % possible obs: 76.1 % / Num. measured all: 1884294 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70 % / Rmerge(I) obs: 0.24 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→100 Å / SU B: 9.449 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.539 / ESU R Free: 0.314 / 詳細: THE DATA IS FROM A MEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.364 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.26 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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