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万見
- PDB-1upm: ACTIVATED SPINACH RUBISCO COMPLEXED WITH 2-CARBOXYARABINITOL 2 BI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upm
タイトルACTIVATED SPINACH RUBISCO COMPLEXED WITH 2-CARBOXYARABINITOL 2 BISPHOSPHAT AND CA2+.
要素
  • RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
  • RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
キーワードLYASE / CARBON-CARBON / OXIDOREDUCTASE / PHOTOSYNTHESIS / CARBON-DIOXIDE FIXATION LYASE (CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
類似検索 - 構成要素
生物種SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Andersson, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Calcium Supports Loop Closure But not Catalysis in Rubisco
著者: Karkehabadi, S. / Taylor, T.C. / Andersson, I.
履歴
登録2003年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
R: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
W: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,07732
ポリマ－539,90716
非ポリマー3,17016
水50,2262788
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)219.600, 220.942, 116.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.9754, 0.1631, 0.1485), (0.1631, -0.9865, 0.01194), (0.1484, 0.01258, -0.9888)-13.16, 102.7, 62.17
3given(0.004226, 0.9999, -0.0157), (-0.9924, 0.002264, -0.1229), (-0.1229, 0.0161, 0.9923)-97.89, 0.5825, -6.762
4given(-0.1757, 0.9781, 0.1118), (0.9783, 0.1609, 0.1304), (0.1095, 0.1322, -0.9851)-109.5, 86.07, 54.33
5given(-0.991, 0.006136, -0.134), (0.008826, -0.9938, -0.1108), (-0.1338, -0.111, 0.9848)-97.71, 98.66, -1.161
6given(-0.9852, -0.1716, -0.003444), (-0.1711, 0.9803, 0.09862), (-0.01355, 0.09774, -0.9951)-92.57, -10.56, 50.11
7given(0.006028, -0.9916, -0.129), (0.9999, 0.004664, 0.01088), (-0.01018, -0.1291, 0.9916)0.4245, 97.93, 5.867
8given(0.1676, -0.9856, 0.02393), (-0.9856, -0.1681, -0.02077), (0.02449, -0.0201, -0.9995)4.103, 6.252, 57.76
9given(1), (1), (1)
10given(0.9741, 0.1732, 0.1453), (0.1722, -0.9849, 0.01982), (0.1466, 0.005719, -0.9892)-13.53, 103, 62.35
11given(0.01118, 0.9998, -0.01337), (-0.9917, 0.009374, -0.1283), (-0.1282, 0.01469, 0.9916)-97.55, 0.4683, -6.964
12given(-0.181, 0.9774, 0.1095), (0.9768, 0.1657, 0.1358), (0.1146, 0.1315, -0.9847)-109.7, 85.63, 54.59
13given(-0.9912, 0.007847, -0.1322), (0.007278, -0.9935, -0.1135), (-0.1322, -0.1135, 0.9847)-97.83, 98.65, -0.9236
14given(-0.9832, -0.1823, -0.00858), (-0.1822, 0.9775, 0.1063), (-0.01099, 0.1061, -0.9943)-91.68, -11.13, 49.72
15given(-0.002603, -0.992, -0.126), (1, -0.00315, 0.004136), (-0.0045, -0.126, 0.992)0.00952, 98.62, 5.938
16given(0.1697, -0.9852, 0.02303), (-0.9852, -0.1701, -0.0198), (0.02343, -0.01933, -0.9995)4.253, 6.396, 57.64

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO LARGE SUBUNIT


分子量: 52849.742 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 組織: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN / RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO SMALL SUBUNIT


分子量: 14638.671 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE COMPLETE STRUCTURE HAS BEEN SUBMITTED AS WELL AS THE MATRIX TRANSFORMATION FOR EACH CHAIN.
由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: Q43832, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RUBISCO CATALYZES THE CARBOXYLATION OF D-RIBULOSE 1,5- BISPHOSPHATE AS WELL AS THE OXIDATIVE ...RUBISCO CATALYZES THE CARBOXYLATION OF D-RIBULOSE 1,5- BISPHOSPHATE AS WELL AS THE OXIDATIVE FRAGMENTATION OF PENTOSE SUBSTRATE IN PHOTORESPIRATION. THE PROTEIN IS A COMPLEX OF 8 LARGE AND 8 SMALL CHAINS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.8
詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M HEPES PH 7.8, 10 MM CACL2, 0.2 M NACL, 50 MM NAHCO3, 1MM 2-CABP
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mM1dropNaHCO3
210 mM1dropCaCl2
30.1 MHEPES1droppH7.8
460 mg/mlprotein1drop
5100 mM3PGA1drop
60.1 MHEPES1reservoirpH7.8
70.1 M1reservoirNaHCO3
810 mM1reservoirCaCl2
90.1-0.2 M1reservoirNaCl
1010-14 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 279 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9386
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9386 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 226289 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 70.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 90.2 % / Num. measured all: 2722153 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→20 Å / SU B: 5.994 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 11379 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs-251201 90 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37472 0 176 2788 40436
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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