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万見
- PDB-1upd: Oxidized STRUCTURE OF CYTOCHROME C3 FROM DESULFOVIBRIO DESULFURIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upd
タイトルOxidized STRUCTURE OF CYTOCHROME C3 FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS ATCC 27774 AT PH 7.6
要素CYTOCHROME C3
キーワードELECTRON TRANSPORT / TETRAHEME CYTOCHROME C
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Class III cytochrome C family protein
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bento, I. / Matias, P.M. / Baptista, A.M. / Da Costa, P.N. / Van Dongen, W.M.A.M. / Saraiva, L.M. / Schneider, T.R. / Soares, C.M. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Molecular Basis for Redox-Bohr and Cooperative Effects in Cytochrome C3 from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774: Crystallographic and Modeling Studies of Oxidized and Reduced High- ...タイトル: Molecular Basis for Redox-Bohr and Cooperative Effects in Cytochrome C3 from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774: Crystallographic and Modeling Studies of Oxidized and Reduced High-Resolution Structures at Ph 7.6
著者: Bento, I. / Matias, P.M. / Baptista, A.M. / Da Costa, P.N. / Van Dongen, W.M.A.M. / Saraiva, L.M. / Schneider, T.R. / Soares, C.M. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Conformational Component in the Coupled Transfer of Multiple Electrons and Protons in a Monomeric Tetraheme Cytochrome
著者: Louro, R.O. / Bento, I. / Matias, P.M. / Catarino, T. / Baptista, A.M. / Soares, C.M. / Carrondo, M.A. / Turner, D.L. / Xavier, A.V.
#2: ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 1998
タイトル: Refinement of the Three-Dimensional Structures of Cytochrome C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.67 A Resolution and from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at 1.6 A Resolution
著者: Simoes, P. / Matias, P.M. / Morais, J. / Wilson, K. / Dauter, Z. / Carrondo, M.A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structure of the Tetraheme Cytochrome from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774: X-Ray Diffraction and Electron Paramagnetic Resonance Studies
著者: Morais, J. / Palma, P.N. / Frazao, C. / Caldeira, J. / Legall, J. / Moura, I. / Moura, J.J. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2003年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0925
ポリマ－11,6181
非ポリマー2,4744
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.680, 61.680, 106.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2003-

HOH

21A-2032-

HOH

31A-2122-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C3 / CYTC3


分子量: 11618.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L915
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.2 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: pH 7.60

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIMOND (III) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 44219 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.32 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.4→30 Å / Num. parameters: 10377 / Num. restraintsaints: 13386 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1912 1210 5.3 %RANDOM
all0.1469 22816 --
obs0.1472 -94.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1104.05
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数808 0 172 147 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.071

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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