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- PDB-1uos: The Crystal Structure of the Snake Venom Toxin Convulxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uos
タイトルThe Crystal Structure of the Snake Venom Toxin Convulxin
要素
  • CONVULXIN ALPHA
  • CONVULXIN BETA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR-BINDING PROTEIN / LECTIN / CONVULXIN / C-TYPE LECTIN / SNAKE TOXIN / GPVI / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE / SPINE / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec convulxin subunit alpha / Snaclec convulxin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Batuwangala, T. / Leduc, M. / Gibbins, J.M. / Bon, C. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of the Snake-Venom Toxin Convulxin
著者: Batuwangala, T. / Leduc, M. / Gibbins, J.M. / Bon, C. / Jones, E.Y.
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN BETA
C: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5554
ポリマ－61,5554
非ポリマー00
水5,765320
1
A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1118
ポリマ－123,1118
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
2
C: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

C: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

C: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

C: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1118
ポリマ－123,1118
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
3
A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7782
ポリマ－30,7782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-23.74 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
4
C: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7782
ポリマ－30,7782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-23.96 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.458, 132.458, 112.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.44611, 0.89498, -0.00226), (0.89498, -0.44611, 0.00215), (0.00092, -0.00298, -1)0.06458, -0.28705, 11.3536
2given(0.44611, 0.89498, -0.00226), (0.89498, -0.44611, 0.00215), (0.00092, -0.00298, -1)0.06458, -0.28705, 11.3536
詳細THE STRUCTURE OF THE CVX IS DESCRIBED AS AN(ALPHA-BETA)X4 TETRAMERIC STRUCTURE.

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要素

#1: タンパク質 CONVULXIN ALPHA / CVX ALPHA


分子量: 15745.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS (ヘビ) / 参照: UniProt: O93426
#2: タンパク質 CONVULXIN BETA / CVX BETA


分子量: 15031.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS (ヘビ) / 参照: UniProt: O93427
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化pH: 4 / 詳細: 100MM NA-ACETATE PH 4.0, 25% 1,4-BUTANEDIOL
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
310 mM1dropNaCl
4100 mMsodium acetate1reservoirpH4.0
520-30 %1,4-butanediol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.01
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 27008 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 154959 / Rmerge(I) obs: 0.205
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BJ3

1bj3


解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1876353.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 908 3.4 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 26745 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.56 Å20 Å20 Å2
2--4.56 Å20 Å2
3----9.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 0 320 4608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.812.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 135 3 %
Rwork0.355 4293 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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