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- PDB-1unn: Complex of beta-clamp processivity factor and little finger domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1unn
タイトルComplex of beta-clamp processivity factor and little finger domain of PolIV
要素
  • DNA POLYMERASE III BETA SUBUNIT
  • DNA POLYMERASE IV
キーワードBETA-CLAMP / POL IV / TRANSLESION / TRANSFERASE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / SOS response / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / error-free translesion synthesis / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / SOS response / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / error-free translesion synthesis / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Dna Ligase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp / Beta sliding clamp / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bunting, K.A. / Roe, S.M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Recruitment of Translesion DNA Polymerase Pol Iv/Dinb to the Beta-Clamp
著者: Bunting, K.A. / Roe, S.M. / Pearl, L.H.
履歴
登録2003年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE III BETA SUBUNIT
B: DNA POLYMERASE III BETA SUBUNIT
C: DNA POLYMERASE IV
D: DNA POLYMERASE IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5666
ポリマ－108,3744
非ポリマー1922
水17,060947
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)146.451, 70.117, 110.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2034-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE III BETA SUBUNIT


分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834DE3
参照: UniProt: P00583, UniProt: P0A988*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA POLYMERASE IV / POL IV


分子量: 13556.599 Da / 分子数: 2 / Fragment: LITTLE FINGER, RESIDUES 243-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834DE3 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING HANGING DROP METHOD AT 14C. WELL CONSISTED OF 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 50MM SODIUM ACETATE PH 4.6. 2UL DROP CONSISTED OF 1UL WELL SOLUTION PLUS 1UL PROTEIN ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING HANGING DROP METHOD AT 14C. WELL CONSISTED OF 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 50MM SODIUM ACETATE PH 4.6. 2UL DROP CONSISTED OF 1UL WELL SOLUTION PLUS 1UL PROTEIN SOLUTION (50MM HEPES PH7.0, 2MM MAGNESIUM CHLORIDE, 200MM SODIUM CHLORIDE AND PROTEIN AT 6MG/ML).
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
21.2 Mammonium sulfate1reservoir
350 mMsodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 90134 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 62.1 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.4 % / 冗長度: 2.7 % / Num. unique obs: 12565 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2POL

2pol


解像度: 1.9→62.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 2.981 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 4388 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs-83223 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→62.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7528 0 10 947 8485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0217671
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7121.96910377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0125951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3010.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.24569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3780.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6311.54759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.79227682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.66432912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4874.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.254 289
Rwork0.199 5475
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35190.1518-0.17110.07130.07990.55040.02860.03460.0365-0.07080.00570.0247-0.0248-0.1563-0.03420.12580.09140.00320.07240.03290.156550.56110.27218.014
20.34190.008-0.01910.14610.14920.28780.013-0.0844-0.0011-0.11870.0090.017-0.08130.0627-0.0220.13210.02680.00750.05590.00380.145684.49523.27532.543
30.24580.3086-0.41250.2303-0.07561.5476-0.03460.2280.0197-0.00320.0492-0.01220.15290.1081-0.01450.090.03760.05490.1622-0.01290.095290.66718.813-19.167
40.647-0.0994-0.37350.07650.00441.0305-0.0714-0.2008-0.00780.0116-0.00410.03270.09340.15910.07550.07090.03550.01650.13730.04240.145849.3532.63969.663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 366
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 366
3X-RAY DIFFRACTION3C241 - 351
4X-RAY DIFFRACTION4D240 - 351
精密化
*PLUS
最低解像度: 62.1 Å / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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