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- PDB-1unj: Crystal structure of a 7-Aminoactinomycin D complex with non-comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1unj
タイトルCrystal structure of a 7-Aminoactinomycin D complex with non-complementary DNA
要素
  • 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
  • 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN D / ACTINOMYCIN / ANTIBIOTIC / ANTI CANCER / ANTITUMOR / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX / FLUORESCENT AGENT / HOOGSTEN BASE-PAIR
機能・相同性7-AminoActinomycin / : / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alexopoulos, E.C. / Klement, R. / Jares-Erijman, E.A. / Uson, I. / Jovin, T.M. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Crystal and Solution Structures of 7-Amino-Actinomycin D Complexes with D(Ttagbrut), D(Ttagtt) and D(Tttagttt)
著者: Alexopoulos, E.C. / Jares-Erijman, E.A. / Jovin, T.M. / Klement, R. / Machinek, R. / Sheldrick, G.M. / Uson, I.
履歴
登録2003年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Other / Structure summary
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 1.42019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.62019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info / refine
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.72019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.82019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_src_syn / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
C: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
E: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
F: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
G: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
J: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
K: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
L: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
M: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
N: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
O: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
P: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
Q: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
R: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
S: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
T: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
U: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
V: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
W: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
X: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,51724
ポリマ－40,51724
非ポリマー00
水25214
1
A: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
C: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
E: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
F: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
G: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
I: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
J: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
K: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
L: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,25912
ポリマ－20,25912
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
N: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
O: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
P: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
Q: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
R: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
S: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
T: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
U: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
V: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'
W: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D
X: 7-AMINO-ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,25912
ポリマ－20,25912
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.222, 71.222, 108.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*AP*GP*BRU*TP)-3'


分子量: 1879.096 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド
7-AMINO-ACTINOMYCIN D / DACTINOMYCIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1306.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PX1) THE CHROMOPHORE PX1 IS A MODIFIED PXZ WITH C-NH2 REPLACING C-H IN POSITION 7 OF THE PHENOXAZONE RING.
由来: (合成) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00228, 7-AminoActinomycin
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: ACTINOMYCIN D CHAIN: E, F, K, L, Q, R, W, X COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 11 DESCRIPTION: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PX1) THE CHROMOPHORE PX1 IS A MODIFIED PXZ WITH C-NH2 REPLACING C-H IN POSITION 7 OF THE PHENOXAZONE RING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: NA.CITRATE PH 5.6, NA.ACETATE,(NH4)2SO4,HANGING DROP,T 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9050,0.9196,0.9204
検出器タイプ: MARRESEARCH / 日付: 2002年7月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9051
20.91961
30.92041
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 11527 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.15 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.57
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.37 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.27 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Num. parameters: 8996 / Num. restraintsaints: 17002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3163 577 5 %IN THIN SHELLS
obs0.276 -99 %-
all-11527 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2236.88
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数728 1503 0 14 2245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.159
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.002
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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