PDB-1un8: Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase of C. freundii (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1un8

タイトル

Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase of C. freundii (native form)

要素

DIHYDROXYACETONE KINASE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerone kinase / anaerobic glycerol catabolic process / glycerone kinase activity / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Siebold, C. / Arnold, I. / Garcia-Alles, L.F. / Baumann, U. / Erni, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Citrobacter Freundii Dihydroxyacetone Kinase Reveals an Eight-Stranded Alpha-Helical Barrel ATP-Binding Domain
著者: Siebold, C. / Arnold, I. / Garcia-Alles, L.F. / Baumann, U. / Erni, B.

履歴

登録	2003年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1un8.cif.gz	211.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1un8.ent.gz	171.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1un8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1un8_validation.pdf.gz	851.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1un8_full_validation.pdf.gz	877.7 KB	表示
XML形式データ	1un8_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	1un8_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/1un8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/1un8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1un9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1un9-d 4elm-1 1psd-d 2p9c-d 5ks9-1 4elm-2 6nv0-d 5xhv-1 4e41-2 6ajg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DIHYDROXYACETONE KINASE

B: DIHYDROXYACETONE KINASE

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.440, 124.590, 237.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	GLN	GLN	1	A	A	1 - 351	1 - 351
2	1	1	MET	MET	GLN	GLN	1	B	B	1 - 351	1 - 351
1	2	1	SER	SER	ALA	ALA	1	A	A	2 - 517	2 - 517
2	2	1	SER	SER	ALA	ALA	1	B	B	2 - 517	2 - 517
1	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	2	A	A	526 - 550	526 - 550
2	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	2	B	B	526 - 550	526 - 550

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.05306, 0.9985, -0.01375), (0.99849, -0.05325, -0.01346), (-0.01417, -0.01302, -0.99981)
ベクター: -61.43323, 68.94242, 297.64081)

#1: タンパク質	DIHYDROXYACETONE KINASE / GLYCERONE KINASE / DHA KINASE 分子量: 57992.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P45510, glycerone kinase
#2: 化合物	ChemComp-MYY / (2R)-3-(PHOSPHONOOXY)-2-(TETRADECANOYLOXY)PROPYL PALMITATE 分子量: 620.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₆₅O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.54 %

結晶化

pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	30-50 mg/ml	protein	1	drop
2	5 mM	HEPES	1	drop	pH7.5
3	2 mM	dithiothreitol	1	drop
4	100 mM	HEPES	1	reservoir	pH7.3
5	50 mM		1	reservoir		NaCl
6	9 %(w/v)	PEG3000	1	reservoir
7	25 %(v/v)	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 50187 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.4
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / R_merge(I) obs*: 0.066
反射シェル	PLUS % possible obs: 83.7 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs*: 9.1

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.19 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 9.64 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES 518 - 525 WERE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY. N-TERMINAL MET WAS MODELLED AS ALA.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	3976	7.9 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.2	46053	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7976	0	84	211	8271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	8110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.968	11016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.552	5	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.262	0.2	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.794	2.5	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.972	3.5	8542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.131	3.5	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.447	4.5	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	6348	tight positional	0.09	0.05
1	2	B	6348	tight positional	0.09	0.05
2	1	A	180	tight positional	0.08	0.05
2	2	B	180	tight positional	0.08	0.05
1	1	A	6348	tight thermal	0.34	0.5
1	2	B	6348	tight thermal	0.34	0.5
2	1	A	180	tight thermal	0.46	0.5
2	2	B	180	tight thermal	0.46	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.55 Å / Total num. of bins used: 25 /

	R_factor	反射数
R_free	0.405	187
R_work	0.313	2253

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7181	-0.1244	0.1342	0.1715	0.012	2.3659	0.0931	-0.0866	0.1092	-0.1369	0.0269	-0.0389	-0.2129	0.0842	-0.12	0.3295	-0.093	0.1105	0.0365	-0.0045	0.3811	28.414	85.468	135.058
2	3.1186	-0.5212	-1.2093	1.2041	0.6119	5.4278	0.0761	0.1626	-0.0897	0.0663	-0.0249	-0.0532	0.0781	0.1744	-0.0512	0.2188	-0.0255	-0.0122	0.2744	-0.0812	0.2536	20.078	77.728	195.249
3	0.3044	-0.0519	0.2945	0.1646	-0.0625	2.7125	0.021	-0.316	0.0839	0.0042	0.0538	-0.0388	-0.5021	-0.1274	-0.0748	0.3417	-0.0601	0.0835	0.2638	-0.0699	0.3717	23.558	90.956	161.049
4	0.8059	0.3356	0.1791	3.5025	0.3627	2.4211	0.1288	0.1571	-0.0395	-0.4109	-0.0825	0.2806	-0.1698	0.0344	-0.0463	0.3559	0.1631	0.0501	0.1441	0.0894	0.3143	14.565	82.215	101.088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 351
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	352 - 550
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 351
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	352 - 550

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.245 / R_factor R_work: 0.193

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.432

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