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- PDB-1un9: Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase from C. freundii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1un9
タイトルCrystal structure of the dihydroxyacetone kinase from C. freundii in complex with AMP-PNP and Mg2+
要素DIHYDROXYACETONE KINASE
キーワードKINASE / GLYCERONE KINASE / DHA KINASE / DIHYDROXYACETONE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerone kinase / anaerobic glycerol catabolic process / glycerone kinase activity / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroxyacetone kinase / DhaL domain / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 ...Dihydroxyacetone kinase / DhaL domain / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroxyacetone / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Dihydroxyacetone kinase
類似検索 - 構成要素
生物種CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Siebold, C. / Arnold, I. / Garcia-Alles, L.F. / Baumann, U. / Erni, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Citrobacter Freundii Dihydroxyacetone Kinase Reveals an Eight-Stranded Alpha-Helical Barrel ATP-Binding Domain
著者: Siebold, C. / Arnold, I. / Garcia-Alles, L.F. / Baumann, U. / Erni, B.
履歴
登録2003年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROXYACETONE KINASE
B: DIHYDROXYACETONE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,98310
ポリマ－115,6932
非ポリマー1,2908
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.788, 124.869, 236.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.05306, 0.9985, -0.01375), (0.99849, -0.05325, -0.01346), (-0.01417, -0.01302, -0.99981)
ベクター: -61.43323, 68.94242, 297.64081)

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROXYACETONE KINASE / GLYCERONE KINASE / DHA KINASE


分子量: 57846.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P45510, glycerone kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖 ChemComp-2HA / Dihydroxyacetone / ジヒドロキシアセトン


タイプ: saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.763
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→25 Å / Num. obs: 25784 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rwork0.237 --
obs0.237 24503 89.1 %
Rfree--0.39 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7904 0 78 0 7982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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