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- PDB-1umn: Crystal structure of Dps-like peroxide resistance protein (Dpr) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1umn
タイトルCrystal structure of Dps-like peroxide resistance protein (Dpr) from Streptococcus suis
要素DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
キーワードPEROXIDE RESISTANCE / IRON-BINDING / FERROXIDASE / DPS-FAMILY / FERRITIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kauko, A. / Haataja, S. / Pulliainen, A. / Finne, J. / Papageorgiou, A.C.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of Streptococcus suis Dps-like peroxide resistance protein Dpr: implications for iron incorporation.
著者: Kauko, A. / Haataja, S. / Pulliainen, A.T. / Finne, J. / Papageorgiou, A.C.
履歴
登録2003年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
B: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
C: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
D: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
E: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
F: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
G: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
H: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
I: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
J: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
K: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
L: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,39335
ポリマ－223,69212
非ポリマー1,70123
水30,3551685
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.735, 138.168, 142.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.9953, -0.07049, -0.06643), (-0.06679, 0.00278, 0.99776), (-0.07015, 0.99751, -0.00747)19.46998, 136.02335, -135.58139
3given(-0.99911, -0.03159, 0.02778), (-0.02752, -0.00856, -0.99958), (0.03182, -0.99946, 0.00768)13.87208, 142.12906, 140.54878
4given(0.99401, 0.10028, 0.04342), (0.10048, -0.99494, -0.00247), (0.04295, 0.00682, -0.99905)-13.96115, 275.85297, 3.56415
5given(0.06817, -0.74062, -0.66846), (-0.7147, 0.43123, -0.55067), (0.6961, 0.51528, -0.49993)108.72004, 83.46333, -71.24289
6given(0.03164, -0.6731, -0.73887), (0.72065, -0.49688, 0.48351), (-0.69258, -0.54776, 0.46935)99.65805, 202.81387, 80.39436
7given(-0.07043, 0.66961, 0.73937), (0.68509, 0.57121, -0.45206), (-0.72504, 0.4747, -0.49897)-89.36369, 57.16426, -58.89568
8given(-0.03267, 0.74055, 0.67121), (-0.68937, -0.50295, 0.52135), (0.72367, -0.44568, 0.52695)-99.1459, 210.21654, 59.42184
9given(0.0751, -0.71551, 0.69455), (-0.74534, 0.42243, 0.51577), (-0.66244, -0.55641, -0.50158)101.94675, 82.22861, 83.60762
10given(-0.06875, 0.68925, -0.72126), (0.67386, 0.5652, 0.47588), (0.73565, -0.45331, -0.50331)-88.59692, 55.85215, 62.79881
11given(-0.02867, -0.68938, 0.72383), (0.74481, -0.49769, -0.44449), (0.66667, 0.52637, 0.52772)98.74805, 204.81123, -74.8491
12given(0.02491, 0.72113, -0.69235), (-0.67328, -0.49984, -0.54484), (-0.73896, 0.47972, 0.47308)-93.54265, 212.23178, -61.81357

-
要素

#1: タンパク質
DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN / DPR


分子量: 18641.014 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINUS TRUNCATED FIRST SEVEN RESIDUES REMOVED. / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 株: D282 / プラスミド: PET30EK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F5J9, UniProt: P0CB53*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HANGING DROP METHOD 2.0 UL 10 MG/ML PROTEIN + 2.0 UL RESERVOUR SOLUTION 27 % PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1M HEPES-NAOH, PH 7.4 +16C FEW DAYS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 146502 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGH

1qgh


解像度: 1.95→18.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3678334.77 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 7395 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 146414 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.3696 Å2 / ksol: 0.377455 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.56 Å20 Å20 Å2
2---3.15 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→18.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14534 0 79 1685 16298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1119 5.1 %
Rwork0.229 20902 -
obs--88.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEPES.PARHEPES.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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