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万見
- PDB-1ukh: Structural basis for the selective inhibition of JNK1 by the scaf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ukh
タイトルStructural basis for the selective inhibition of JNK1 by the scaffolding protein JIP1 and SP600125
要素
  • 11-mer peptide from C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
  • Mitogen-activated protein kinase 8 isoform 4
キーワードTRANSFERASE / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / positive regulation of cyclase activity / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / Activation of the AP-1 family of transcription factors / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / dendritic growth cone / positive regulation of protein metabolic process / energy homeostasis / peptidyl-threonine phosphorylation / kinesin binding / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to mechanical stimulus / axonal growth cone / stress-activated MAPK cascade / response to UV / negative regulation of protein binding / NRIF signals cell death from the nucleus / vesicle-mediated transport / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to amino acid starvation / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / cellular response to mechanical stimulus / regulation of circadian rhythm / mitochondrial membrane / peptidyl-serine phosphorylation / histone deacetylase binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / rhythmic process / cellular senescence / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / MAPK cascade / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphatase binding / neuron projection / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / synapse / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 8 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Heo, Y.-S. / Kim, Y.K. / Sung, B.-J. / Lee, H.S. / Lee, J.I. / Seo, C.I. / Park, S.-Y. / Kim, J.H. / Hyun, Y.-L. / Jeon, Y.H. ...Heo, Y.-S. / Kim, Y.K. / Sung, B.-J. / Lee, H.S. / Lee, J.I. / Seo, C.I. / Park, S.-Y. / Kim, J.H. / Hyun, Y.-L. / Jeon, Y.H. / Ro, S. / Lee, T.G. / Cho, J.M. / Hwang, K.Y. / Yang, C.-H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the selective inhibition of JNK1 by the scaffolding protein JIP1 and SP600125
著者: Heo, Y.-S. / Kim, S.K. / Seo, C.I. / Kim, Y.K. / Sung, B.-J. / Lee, H.S. / Lee, J.I. / Park, S.-Y. / Kim, J.H. / Hwang, K.Y. / Hyun, Y.-L. / Jeon, Y.H. / Ro, S. / Cho, J.M. / Lee, T.G. / Yang, C.-H.
履歴
登録2003年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8 isoform 4
B: 11-mer peptide from C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9342
ポリマ－43,9342
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.398, 80.841, 83.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 isoform 4 / JNK1


分子量: 42588.191 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45983, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド 11-mer peptide from C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1 / JIP1


分子量: 1345.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs peptide synthesis / 参照: UniProt: Q9WVI9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3000, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月11日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 18476 / Num. obs: 16980 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / % possible all: 72.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→19.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 479481.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 818 4.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 18476 --
obs0.226 16729 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.7705 Å2 / ksol: 0.343461 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.77 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----7.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 0 95 2768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 111 4.8 %
Rwork0.376 2203 -
obs--77.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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