PDB-1ujd: Solution Structure of RSGI RUH-003, a PDZ domain of hypothetical ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ujd

タイトル

Solution Structure of RSGI RUH-003, a PDZ domain of hypothetical KIAA0559 protein from human cDNA

要素

KIAA0559 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PDZ domain / human cdna / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic active zone assembly / cytoskeleton of presynaptic active zone / structural constituent of presynaptic active zone / presynaptic actin cytoskeleton organization / synaptic vesicle clustering / regulation of exocytosis / profilin binding / protein localization to synapse / calcium-dependent phospholipid binding / insulin secretion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Ohashi, W. / Hirota, H. / Yamazaki, T. / Muto, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-003, a PDZ domain of hypothetical KIAA0559 protein from human cDNA
著者: Ohashi, W. / Hirota, H. / Yamazaki, T. / Muto, Y. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2003年7月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ujd.cif.gz	666.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ujd.ent.gz	556.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ujd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2dmw-d 5tf3-d 6qqi-d 5gkm-1 3a6v-2 6s45-d 5cm4-1 1dj8-3 3fes-4 6l9u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002000544.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: KIAA0559 protein

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	The submitted conformer models are those with the lowest number of target function
代表モデル	モデル #1	lowest target function

#1: タンパク質	KIAA0559 protein 分子量: 12279.770 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q9Y6V0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細	内容: 1.5mM RSGI RUH-003 U-13C,15N; 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 1mM DTT U-2H, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	collection
NMRPipe	2.1	Delaglio	解析
NMRView	5.0.4	Johnson	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are those with the lowest number of target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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