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万見
- PDB-1uir: Crystal Structure of Polyamine Aminopropyltransfease from Thermus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uir
タイトルCrystal Structure of Polyamine Aminopropyltransfease from Thermus thermophilus
要素Polyamine Aminopropyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Spermidien Synthase / Spermine Synthase / Polyamine / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


norspermine synthase / N1-aminopropylagmatine synthase / spermine synthase / spermine synthase activity / agmatine aminopropyltransferase activity / thermospermine synthase / thermospermine synthase activity / polyamine biosynthetic process / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyamine aminopropyltransferase / Polyamine aminopropyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ganbe, T. / Ohnuma, M. / Sato, T. / Kumasaka, T. / Oshima, T. / Tanaka, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures and enzymatic properties of a triamine/agmatine aminopropyltransferase from Thermus thermophilus
著者: Ohnuma, M. / Ganbe, T. / Terui, Y. / Niitsu, M. / Sato, T. / Tanaka, N. / Tamakoshi, M. / Samejima, K. / Kumasaka, T. / Oshima, T.
履歴
登録2003年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年1月29日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine Aminopropyltransferase
B: Polyamine Aminopropyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1732
ポリマ－72,1732
非ポリマー00
水6,720373
1
A: Polyamine Aminopropyltransferase
B: Polyamine Aminopropyltransferase

A: Polyamine Aminopropyltransferase
B: Polyamine Aminopropyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,3454
ポリマ－144,3454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area10520 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area44310 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.775, 87.775, 190.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and chain B and a symmetry partner generated by crystallographic symmetry.

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要素

#1: タンパク質 Polyamine Aminopropyltransferase


分子量: 36086.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET21C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P83816, UniProt: Q5SK28*PLUS, spermidine synthase, spermine synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, MES, Norspermidine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.84 Å / Num. all: 561274 / Num. obs: 49522 / % possible obs: 96.7 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 6176 / Rsym value: 0.151 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1INL

1inl


解像度: 2→39.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2851636.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 4972 10.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 49436 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.0467 Å2 / ksol: 0.372936 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---1.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5042 0 0 373 5415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 721 10.1 %
Rwork0.215 6399 -
obs--85.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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