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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ugm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of LC3 | ||||||
要素 | Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / LC3 / autophagy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Receptor Mediated Mitophagy / TBC/RABGAPs / Pexophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Macroautophagy / ceramide binding / mucus secretion / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation ...Receptor Mediated Mitophagy / TBC/RABGAPs / Pexophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Macroautophagy / ceramide binding / mucus secretion / phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / positive regulation of mucus secretion / autolysosome / axoneme / autophagosome membrane / autophagosome maturation / mitophagy / autophagosome assembly / autophagosome / endomembrane system / cellular response to starvation / tubulin binding / establishment of localization in cell / mitochondrial membrane / macroautophagy / autophagy / presynapse / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / protein domain specific binding / axon / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / mitochondrion / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Sugawara, K. / Suzuki, N.N. / Fujioka, Y. / Mizushima, N. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Cells / 年: 2004 タイトル: The crystal structure of microtubule-associated protein light chain 3, a mammalian homologue of Saccharomyces cerevisiae Atg8 著者: Sugawara, K. / Suzuki, N.N. / Fujioka, Y. / Mizushima, N. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of LC3-I 著者: Sugawara, K. / Suzuki, N.N. / Fujioka, Y. / Mizushima, N. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ugm.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ugm.ent.gz | 24.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ugm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1eo6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14575.725 Da / 分子数: 1 / 断片: residues -4-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pGEX-6p / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q62625 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350, Sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 7786 / Num. obs: 7786 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.195 / % possible all: 74.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1EO6 解像度: 2.05→27.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1082264.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 81.9033 Å2 / ksol: 0.512595 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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