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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uf9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TT1252 from Thermus thermophilus | ||||||
要素 | TT1252 protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / p-loop / nucleotide binding domain / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seto, A. / Murayama, K. / Toyama, M. / Ebihara, A. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: PROTEINS / 年: 2005 タイトル: ATP-induced structural change of dephosphocoenzyme A kinase from Thermus thermophilus HB8 著者: Seto, A. / Murayama, K. / Toyama, M. / Ebihara, A. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uf9.cif.gz | 124.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uf9.ent.gz | 98.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uf9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uf9_validation.pdf.gz | 478.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1uf9_full_validation.pdf.gz | 501.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1uf9_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uf9_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/1uf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/1uf9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22859.820 Da / 分子数: 3 / 断片: nucleotide binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56416 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.72M sodium citrate, 90mM imidazole, 10% PEG3000, 10mM CHES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月26日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18914 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rsym value: 0.093 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 159215 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.298 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1777090.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.9993 Å2 / ksol: 0.306747 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.2997 / Rfactor Rwork: 0.2222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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