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- PDB-1uf5: Crystal structure of C171A/V236A Mutant of N-carbamyl-D-amino aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uf5
タイトルCrystal structure of C171A/V236A Mutant of N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase complexed with N-carbamyl-D-methionine
要素N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-METHYLSULFANYL-2-UREIDO-BUTYRIC ACID / N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Aoki, M. / Shimizu, T. / Nakai, T. / Morikawa, H. / Ikenaka, Y. / Takahashi, S. / Sato, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of C171A/V236A mutant of N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
著者: Hashimoto, H. / Aoki, M. / Shimizu, T. / Nakai, T. / Morikawa, H. / Ikenaka, Y. / Takahashi, S. / Sato, M.
履歴
登録2003年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
B: N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7245
ポリマ－68,2782
非ポリマー4473
水13,763764
1
A: N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
B: N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
ヘテロ分子

A: N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
B: N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,44910
ポリマ－136,5564
非ポリマー8936
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.424, 137.275, 67.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase


分子量: 34138.977 Da / 分子数: 2 / 変異: C171A/V236A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrobacterium sp. (バクテリア) / プラスミド: pAD108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60327, N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CDT / 4-METHYLSULFANYL-2-UREIDO-BUTYRIC ACID / N-CARBAMYL-D-METHIONINE


分子量: 192.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.21 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.27 Å / Num. obs: 81286

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→39.27 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.198 -
Rwork0.178 -
obs-81286
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4808 0 28 764 5600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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