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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uex | ||||||
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タイトル | Crystal structure of von Willebrand Factor A1 domain complexed with snake venom bitiscetin | ||||||
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![]() | TOXIN/BLOOD CLOTTING / C-type lectin heterodimer / TOXIN-BLOOD CLOTTING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of intracellular signal transduction / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / signaling receptor activity / toxin activity / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maita, N. / Nishio, K. / Nishimoto, E. / Matsui, T. / Shikamoto, Y. / Morita, T. / Sadler, J.E. / Mizuno, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of von Willebrand factor A1 domain complexed with snake venom, bitiscetin. Insight into glycoprotein Ibalpha binding mechanism induced by snake venom proteins. 著者: Maita, N. / Nishio, K. / Nishimoto, E. / Matsui, T. / Shikamoto, Y. / Morita, T. / Sadler, J.E. / Mizuno, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14953.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14822.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 23889.627 Da / 分子数: 1 / Fragment: A1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 10% PEG 6000, 2% PEG-MME 550, 5% MPD, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 9672 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.107 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.99 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9055 / Num. measured all: 51631 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.6 % / Num. unique obs: 1456 / Num. measured obs: 8285 / Rmerge(I) obs: 0.311 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JWI and 1AUQ 解像度: 2.85→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 12 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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