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- PDB-1ue3: Crystal structure of d(GCGAAAGC) containing hexaamminecobalt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ue3
タイトルCrystal structure of d(GCGAAAGC) containing hexaamminecobalt
要素5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA / base-intercalated duplex / mini-hairpin structure / sheared G:A pair / zipper-like duplex
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sunami, T. / Kondo, J. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of d(GCGAAAGC) (hexagonal form): a base-intercalated duplex as a stable structure.
著者: Sunami, T. / Kondo, J. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K.I. / Takenaka, A.
履歴
登録2003年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7065
ポリマ－2,4611
非ポリマー2454
水72140
1
A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,41210
ポリマ－4,9212
非ポリマー4908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)37.373, 37.373, 64.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9-

CL

21A-768-

MG

31A-766-

NCO

41A-781-

HOH

51A-782-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 2460.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: magnesium chloride, spermine 4HCl, hexaamminecobalt(III) chloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2spermine 4HCl11
3hexaamminecobalt(III) chloride11
42-methyl-2,4-pentanediol11
5sodium cacodylate11
6magnesium chloride12
7spermine 4HCl12
8hexaamminecobalt(III) chloride12
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.5 mMDNA1drop
218 mM1dropMgCl2
32.25 mMspermine 4HCl1drop
40.9 mM1dropCo(NH3)6Cl3
54.5 %MPD1drop
625 %MPD1reservoir
750 mMsodium cacodylate1droppH7.0
81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32 Å / Num. all: 1817 / Num. obs: 1817 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 102876
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UE2

1ue2


解像度: 2.15→10 Å / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON ET AL., (1996) ACTACRYST. D52, 57-64
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2389 146 RANDOM
Rwork0.2272 --
all-1661 -
obs-1538 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 186 22 28 236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2322 13
Rwork0.2282 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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