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- PDB-1ucs: Type III Antifreeze Protein RD1 from an Antarctic Eel Pout -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ucs
タイトルType III Antifreeze Protein RD1 from an Antarctic Eel Pout
要素Antifreeze peptide RD1
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / Small Beta Barrel / Pretzel Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
SAF domain / SAF domain / Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ice-structuring protein RD1
類似検索 - 構成要素
生物種Lycodichthys dearborni (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.62 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Cheng, C.-H.C. / DeVries, A.L. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2003
タイトル: The refined crystal structure of an eel pout type III antifreeze protein RD1 at 0.62-A resolution reveals structural microheterogeneity of protein and solvation.
著者: Ko, T.P. / Robinson, H. / Gao, Y.G. / Cheng, C.H. / DeVries, A.L. / Wang, A.H.
履歴
登録2003年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze peptide RD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9111
ポリマ－6,9111
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.501, 39.502, 44.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Antifreeze peptide RD1 / Type III Antifreeze Protein RD1


分子量: 6911.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lycodichthys dearborni (魚類) / 参照: UniProt: P35751
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 11.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulfate, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 mg/mlprotein1drop
24 mMTris1droppH7.5
320 %ammonium sulfate1drop
450 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.6668 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6668 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.62→50 Å / Num. all: 127366 / Num. obs: 118502 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 0.62→0.64 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 10198 / % possible all: 91.8
反射
*PLUS
最低解像度: 1.2 Å / Num. obs: 108526 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 256420 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 % / Num. unique obs: 10198 / Num. measured obs: 18801

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A polypeptide model derived from NMR experiments

解像度: 0.62→22.32 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: anisotropic model was used in refinement and then the converted to isotropic B values
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.155 5902 -random
Rwork0.133 ---
all0.139 127291 --
obs0.137 118101 92.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.62→22.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 0 240 1260
拘束条件タイプ: s_bond_d / Dev ideal: 0.012
LS精密化 シェル解像度: 0.62→0.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 582 -
Rwork0.265 --
obs-11845 69.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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