ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 649032.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.214 | 1780 | 9.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.177 | - | - | - |
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obs | 0.177 | 18092 | 99 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.4055 Å2 / ksol: 0.388185 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.41 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.84 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.21 Å | 0.17 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.13 Å | 0.08 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.98 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1492 | 0 | 5 | 338 | 1835 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.004 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.66 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.37 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.55 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.89 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.24 | 255 | 9.2 % |
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Rwork | 0.198 | 2512 | - |
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obs | - | - | 91.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.66 | | | | |
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