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- PDB-1uc3: Crystal Structure of hemoglobin I from river lamprey -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uc3
タイトルCrystal Structure of hemoglobin I from river lamprey
要素Globin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / globin-fold / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin
類似検索 - 構成要素
生物種Lampetra fluviatilis (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seki, M. / Yao, M. / Yazawa, Y. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure analysis of river lamprey hemoglobin I
著者: Seki, M. / Yao, M. / Yazawa, Y. / Tanaka, I.
履歴
登録2003年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Globin
B: Globin
C: Globin
D: Globin
E: Globin
F: Globin
G: Globin
H: Globin
I: Globin
J: Globin
K: Globin
L: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,91024
ポリマ－195,51212
非ポリマー7,39812
水15,601866
1
A: Globin
B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8184
ポリマ－32,5852
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Globin
D: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8184
ポリマ－32,5852
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Globin
F: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8184
ポリマ－32,5852
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Globin
H: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8184
ポリマ－32,5852
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Globin
J: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8184
ポリマ－32,5852
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Globin
L: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8184
ポリマ－32,5852
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7500 Å2
手法PISA
8
B: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
9
C: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
10
D: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
11
E: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7420 Å2
手法PISA
12
F: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
13
G: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA
14
H: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
15
I: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
16
J: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
17
K: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7380 Å2
手法PISA
18
L: Globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9092
ポリマ－16,2931
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.21, 73.61, 105.87
Angle α, β, γ (deg.)103.95, 91.52, 97.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Globin / HemoglobinI


分子量: 16292.693 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lampetra fluviatilis (魚類) / 参照: UniProt: P02207
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 21% PEG6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 76404 / Num. obs: 76404 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LHB

3lhb


解像度: 2.3→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 7416 9.8 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all-73586 --
obs-73586 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.031 Å21.56 Å2-3.28 Å2
2--3.597 Å20.287 Å2
3----0.566 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.353 Å0.266 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.329 Å0.2252 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13716 0 516 866 15098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010034
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14137
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.08011
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95091
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.052.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: restraint
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 737 9.78 %
Rwork0.236 1976 -
obs-7208 95.6 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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