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万見
- PDB-1ub7: The Crystal Analysis of Beta-Keroacyl-[Acyl Carrier Protein] Synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ub7
タイトルThe Crystal Analysis of Beta-Keroacyl-[Acyl Carrier Protein] Synthase III (FABH)From Thermus Thermophilus.
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / Fatty acid synthesis / Beta-Ketoacyl-ACP Synthase III / FABH / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Inagaki, E. / Miyano, M. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Beta-Ketoacyl-[Acyl Carrier Protein] Synthase III (Fabh) from Thermus Thermophilus
著者: Inagaki, E. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Miyano, M. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2003年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,20614
ポリマ－138,2854
非ポリマー92110
水5,891327
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4195
ポリマ－69,1432
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
2
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7879
ポリマ－69,1432
非ポリマー6457
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.586, 91.355, 149.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] synthase / Beta-Ketoacyl-ACP Synthase III


分子量: 34571.340 Da / 分子数: 4 / 変異: L290V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7SI99, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 2% PEG 400, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 66013 / Num. obs: 66013 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HNJ

1hnj


解像度: 2.3→45.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high rms absF: 442324.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3168 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 62532 92.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.0002 Å2 / ksol: 0.358349 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.71 Å20 Å26.65 Å2
2---7.66 Å20 Å2
3----12.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9716 0 60 327 10103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.961
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 426 5 %
Rwork0.313 8033 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_OCYS_REP.PARAMPROTEIN_OCYS.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GLYC.PARAMGLYC.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEPTIDE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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