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- PDB-1uaw: Solution structure of the N-terminal RNA-binding domain of mouse ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uaw
タイトルSolution structure of the N-terminal RNA-binding domain of mouse Musashi1
要素mouse-musashi-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNP-type structure
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(U) RNA binding / response to hormone / epithelial cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / single-stranded RNA binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Musashi homologue, RNA recognition motif 2 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Musashi homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Miyanoiri, Y. / Kobayashi, H. / Watanabe, M. / Ikeda, T. / Nagata, T. / Okano, H. / Uesugi, S. / Katahira, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Origin of higher affinity to RNA of the N-terminal RNA-binding domain than that of the C-terminal one of a mouse neural protein, musashi1, as revealed by comparison of their structures, ...タイトル: Origin of higher affinity to RNA of the N-terminal RNA-binding domain than that of the C-terminal one of a mouse neural protein, musashi1, as revealed by comparison of their structures, modes of interaction, surface electrostatic potentials, and backbone dynamics
著者: Miyanoiri, Y. / Kobayashi, H. / Imai, T. / Watanabe, M. / Nagata, T. / Uesugi, S. / Okano, H. / Katahira, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure, Backbone Dynamics and Interactions with RNA of the C-terminal RNA-binding Domain of a Mouse Neural RNA-binding Protein, Musashi1.
著者: Nagata, T. / Kanno, R. / Kurihara, Y. / Uesugi, S. / Imai, T. / Sakakibara, S. / Okano, H. / Katahira, M.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1997
タイトル: Structural properties and RNA-binding activities of two RNA recognition motifs of a mouse neural RNA-binding protein, mouse-Musashi-1.
著者: Kurihara, Y. / Nagata, T. / Imai, T. / Hiwatashi, A. / Horiuchi, M. / Sakakibara, S. / Katahira, M. / Okano, H. / Uesugi, S.
履歴
登録2003年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mouse-musashi-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7761
ポリマ－8,7761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 103structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 mouse-musashi-1


分子量: 8776.088 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal RNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: neural stem / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61474

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
1322D NOESY
1422D TOCSY
1532D NOESY
1632D TOCSY
173DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using 2D homonuclear and 3D 15N-edited heteronuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0mM 15N labeled Musashi1 RBD1, 20mM sodium phosphate, 1.0mM sodium azide, 10mM deuterated DTT, small amounts of DSS95% H2O, 5.0% D2O
22.0mM Musashi1 RBD1, 20mM sodium phosphate, 1.0mM sodium azide, 10mM deuterated DTT, small amounts of DSS95% H2O, 5.0% D2O
32.0mM Musashi1 RBD1, 20mM sodium phosphate, 1.0mM sodium azide, 10mM deuterated DTT, small amounts of DSS100% D2O
試料状態イオン強度: 0.0mM / pH: 6 / 圧: 1.0atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8Brunger精密化
CAPP/PIPP/STAPP4.2.5Garretデータ解析
XwinNMR2.6Bruker解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 103 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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