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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u9z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Phosphoribosyl Diphosphate Synthase Complexed with AMP and Ribose 5-Phosphate | ||||||
![]() | Ribose-phosphate pyrophosphokinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PRPP synthase / ribose 5-phosphate / adenosine 5'-monophosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kadziola, A. / Johansson, E. / Jepsen, C.H. / McGuire, J. / Larsen, S. / Hove-Jensen, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel class III phosphoribosyl diphosphate synthase: structure and properties of the tetrameric, phosphate-activated, non-allosterically inhibited enzyme from Methanocaldococcus jannaschii 著者: Kadziola, A. / Jepsen, C.H. / Johansson, E. / McGuire, J. / Larsen, S. / Hove-Jensen, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31433.258 Da / 分子数: 4 / 断片: Phosphoribosyl Diphosphate Synthase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: prs / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-R5P / #3: 化合物 | ChemComp-AMP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月11日 |
放射 | モノクロメーター: single Si(111) monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.087 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 34117 / Num. obs: 34117 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Apo structure of Methanocaldococcus jannaschii PRPP synthase PDBID 1u9y 解像度: 2.8→25 Å Isotropic thermal model: neighbour restrained B-factor optimization 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
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拘束条件 |
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