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- PDB-1u8b: Crystal structure of the methylated N-ADA/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u8b
タイトルCrystal structure of the methylated N-ADA/DNA complex
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*T)-3'
  • 5'-D(P*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*AP*T)-3'
  • 5'-D(P*AP*AP*TP*TP*T)-3'
  • Ada polyprotein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / METHYLATION / ZINC / HELIX-TURN-HELIX / METAL BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / : / DNA alkylation repair / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response ...: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / : / DNA alkylation repair / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylphosphotriester Repair Domain / DNA Methylphosphotriester Repair Domain / Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily ...DNA Methylphosphotriester Repair Domain / DNA Methylphosphotriester Repair Domain / Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Bifunctional transcriptional activator/DNA repair enzyme Ada
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者He, C. / Hus, J.-C. / Sun, L.J. / Zhou, P. / Norman, D.P.G. / Dotsch, V. / Gross, J.D. / Lane, W.S. / Wagner, G. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: A methylation-dependent electrostatic switch controls DNA repair and transcriptional activation by E. coli ada.
著者: He, C. / Hus, J.C. / Sun, L.J. / Zhou, P. / Norman, D.P. / Dotsch, V. / Wei, H. / Gross, J.D. / Lane, W.S. / Wagner, G. / Verdine, G.L.
履歴
登録2004年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*T)-3'
C: 5'-D(P*AP*AP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(P*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*AP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*T)-3'
A: Ada polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4336
ポリマ－26,3685
非ポリマー651
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.842, 84.593, 108.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 BCDE

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*T)-3'


分子量: 1807.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*AP*TP*TP*T)-3'


分子量: 1494.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*AP*T)-3'


分子量: 3704.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3932.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#5: タンパク質 Ada polyprotein


分子量: 15429.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ADA / プラスミド: PET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06134

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非ポリマー , 2種, 92分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM sodium cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM magnesium chloride, 20% OEG 8000, pH 6.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2NaCl11
3magnesium chloride11
4PEG 800011
5H2O11
6sodium cacodylate12
7NaCl12
8magnesium chloride12
9PEG 800012
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793552, 0.9796687, 0.9537308
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 AND SI-220 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97935521
20.97966871
30.95373081
反射解像度: 2.1→39.4 Å / Num. obs: 26737 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rsym value: 0.072
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 64.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→39.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 999 4.7 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 21153 71 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.02 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.32 Å20 Å20 Å2
2---4.11 Å20 Å2
3----11.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 699 1 91 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3517 37 4.8 %
Rwork0.2828 1585 -
obs--33.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ADA_2.PARAMADA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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