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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u7v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the phosphorylated Smad2/Smad4 heterotrimeric complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / homomeric SMAD protein complex ...positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / homomeric SMAD protein complex / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chacko, B.M. / Qin, B.Y. / Tiwari, A. / Shi, G. / Lam, S. / Hayward, L.J. / de Caestecker, M. / Lin, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of heteromeric smad protein assembly in tgf-Beta signaling 著者: Chacko, B.M. / Qin, B.Y. / Tiwari, A. / Shi, G. / Lam, S. / Hayward, L.J. / De Caestecker, M. / Lin, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 22499.336 Da / 分子数: 2 / 断片: MH2 and Linker domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 25735.330 Da / 分子数: 1 / 断片: MH2 and Linker domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni filter/Osmic mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→100 Å / Num. all: 17632 / Num. obs: 14546 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1353 / % possible all: 84.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KHX 解像度: 2.7→100 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 67.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å
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