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万見
- PDB-1u7v: Crystal Structure of the phosphorylated Smad2/Smad4 heterotrimeri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u7v
タイトルCrystal Structure of the phosphorylated Smad2/Smad4 heterotrimeric complex
要素
  • Mothers against decapentaplegic homolog 2
  • Mothers against decapentaplegic homolog 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Smad / TGF-beta / signal transduction / protein complex / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / zygotic specification of dorsal/ventral axis / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / homomeric SMAD protein complex / activin responsive factor complex / atrioventricular valve formation ...positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / zygotic specification of dorsal/ventral axis / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / homomeric SMAD protein complex / activin responsive factor complex / atrioventricular valve formation / paraxial mesoderm morphogenesis / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / regulation of hair follicle development / sebaceous gland development / SMAD protein complex / positive regulation of luteinizing hormone secretion / filamin binding / formation of anatomical boundary / endoderm formation / RUNX2 regulates bone development / epithelial cell migration / heteromeric SMAD protein complex / pericardium development / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / co-SMAD binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / neuron fate specification / odontoblast differentiation / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / response to transforming growth factor beta / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / secondary palate development / trophoblast cell migration / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / atrioventricular canal development / embryonic foregut morphogenesis / cardiac conduction system development / sulfate binding / Germ layer formation at gastrulation / transforming growth factor beta receptor binding / primary miRNA processing / pulmonary valve morphogenesis / seminiferous tubule development / cellular response to BMP stimulus / Formation of definitive endoderm / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / type I transforming growth factor beta receptor binding / Signaling by Activin / embryonic cranial skeleton morphogenesis / activin receptor signaling pathway / Formation of axial mesoderm / positive regulation of BMP signaling pathway / Signaling by NODAL / outflow tract septum morphogenesis / response to cholesterol / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / pancreas development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / TGFBR3 expression / aortic valve morphogenesis / negative regulation of ossification / Cardiogenesis / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / endothelial cell activation / neural crest cell differentiation / anterior/posterior pattern specification / ureteric bud development / insulin secretion / endocardial cushion morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / adrenal gland development / organ growth / branching involved in ureteric bud morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding / uterus development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of cell differentiation / developmental growth / epithelial to mesenchymal transition
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 4 / Mothers against decapentaplegic homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chacko, B.M. / Qin, B.Y. / Tiwari, A. / Shi, G. / Lam, S. / Hayward, L.J. / de Caestecker, M. / Lin, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structural basis of heteromeric smad protein assembly in tgf-Beta signaling
著者: Chacko, B.M. / Qin, B.Y. / Tiwari, A. / Shi, G. / Lam, S. / Hayward, L.J. / De Caestecker, M. / Lin, K.
履歴
登録2004年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 2
C: Mothers against decapentaplegic homolog 2
B: Mothers against decapentaplegic homolog 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7343
ポリマ－70,7343
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.240, 59.951, 207.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 2 / SMAD 2 / Mothers against DPP homolog 2 / Mad-related protein 2 / hMAD-2 / JV18-1 / hSMAD2


分子量: 22499.336 Da / 分子数: 2 / 断片: MH2 and Linker domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD2, MADH2, MADR2 / プラスミド: pTXB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q15796
#2: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 4 / SMAD 4 / Mothers against DPP homolog 4 / Deletion target in pancreatic carcinoma 4 / hSMAD4


分子量: 25735.330 Da / 分子数: 1 / 断片: MH2 and Linker domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD4, MADH4, DPC4 / プラスミド: pGEX-4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q13485
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter/Osmic mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. all: 17632 / Num. obs: 14546 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1353 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHX

1khx


解像度: 2.7→100 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1485 -random
Rwork0.243 ---
all-17632 --
obs-14546 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4777 0 0 0 4777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 --
Rwork0.243 --
obs-1353 85.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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