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万見
- PDB-1u6q: Substituted 2-Naphthamadine inhibitors of Urokinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u6q
タイトルSubstituted 2-Naphthamadine inhibitors of Urokinase
要素Urokinase-type plasminogen activator
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-745 / Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Bruncko, M. / McClellan, W. / Wendt, M.D. / Sauer, D.R. / Geyer, A. / Dalton, C.R. / Kaminski, M.K. / Nienaber, V.L. / Rockway, T.R. / Giranda, V.L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Naphthamidine urokinase plasminogen activator inhibitors with improved pharmacokinetic properties.
著者: Bruncko, M. / McClellan, W.J. / Wendt, M.D. / Sauer, D.R. / Geyer, A. / Dalton, C.R. / Kaminski, M.A. / Weitzberg, M. / Gong, J. / Dellaria, J.F. / Mantei, R. / Zhao, X. / Nienaber, V.L. / ...著者: Bruncko, M. / McClellan, W.J. / Wendt, M.D. / Sauer, D.R. / Geyer, A. / Dalton, C.R. / Kaminski, M.A. / Weitzberg, M. / Gong, J. / Dellaria, J.F. / Mantei, R. / Zhao, X. / Nienaber, V.L. / Stewart, K. / Klinghofer, V. / Bouska, J. / Rockway, T.W. / Giranda, V.L.
履歴
登録2004年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9092
ポリマ－27,6221
非ポリマー2861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.16, 53.00, 82.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / uPA / U-plasminogen activator


分子量: 27622.496 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 179-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#2: 化合物 ChemComp-745 / TRANS-6-(2-PHENYLCYCLOPROPYL)-NAPHTHALENE-2-CARBOXAMIDINE


分子量: 286.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18N2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.02→33 Å / Num. obs: 13899

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解析

精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.29 12373
Rwork0.27 -
all0.27 16719
obs0.27 13768
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 0 22 0 2404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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