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万見
- PDB-1u6p: NMR Structure of the MLV encapsidation signal bound to the Nucleo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u6p
タイトルNMR Structure of the MLV encapsidation signal bound to the Nucleocapsid protein
要素
  • 101-MER
  • Gag polyprotein
キーワードViral protein/RNA / MLV / A-MINOR K-TURN / STEM LOOP / BULGE / G-U MISMATCH / G-A MISMATCH / U-U MISMATCH / A-C MISMATCH / Zinc finger / NC / Viral protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell uropod / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : ...Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Retroviral matrix protein / Few Secondary Structures / Irregular / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者D'Souza, V. / Summers, M.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for packaging the dimeric genome of Moloney murine leukaemia virus
著者: D'Souza, V. / Summers, M.F.
履歴
登録2004年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 101-MER
A: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1473
ポリマ－39,0822
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 101-MER


分子量: 32704.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE WAS SYNTHESIZED BY IN VITRO TRANSCRIPTION USING A LINEARIZED DNA PLASMID AS TEMPLATE
#2: タンパク質 Gag polyprotein / MMLV nucleocapsid protein


分子量: 6377.248 Da / 分子数: 1 / Fragment: Nucleoprotein p10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / 遺伝子: GAG / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 plysS / 参照: UniProt: P03332
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
1514D 13C/15N-separated NOESY
1614D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2MM PSI MONOMERIC RNA GUA-15N,13C;10MM TRIS, 100% D2O10MM TRIS, 100% D2O
21.2MM PSI MONOMERIC RNA ADE-15N,13C; 10MM TRIS, 100% D2O10MM TRIS, 100% D2O
31.2MM PSI MONOMERIC RNA CYT-15N,13C; 10MM TRIS, 100% D2O10MM TRIS, 100% D2O
41.2MM PSI MONOMERIC RNA URA-15N,13C; 10MM TRIS, 100% D2O10MM TRIS, 100% D2O
51.2MM PSI MONOMERIC RNA GUA-URA-CYT-2H, 10MM TRIS, 100% D2O;10MM TRIS, 100% D2O
61.2MM PSI MONOMERIC RNA GUA-ADE-CYT-2H, 10MM TRIS, 100% D2O;10MM TRIS, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM Nacl 7AMBIENT 308 K
210 mM Nacl 7AMBIENT 308 K
310 mM Nacl 7AMBIENT 308 K
410 mM Nacl 7AMBIENT 308 K
510 mM Nacl 7AMBIENT 308 K
610 mM Nacl 7AMBIENT 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6brukercollection
NMRPipe2.1Delaglio F et.al解析
NMRView5.0.3Johnson Bデータ解析
CYANAGuntert精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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