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- PDB-1u58: Crystal structure of the murine cytomegalovirus MHC-I homolog m144 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u58
タイトルCrystal structure of the murine cytomegalovirus MHC-I homolog m144
要素
  • MHC-I homolog m144
  • beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / MCMV / MHC-I homolog / m144 / beta-2m
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoevasin / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Natarajan, K. / Hicks, A. / Robinson, H. / Guan, R. / Margulies, D.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the murine cytomegalovirus MHC-I homolog m144.
著者: Natarajan, K. / Hicks, A. / Mans, J. / Robinson, H. / Guan, R. / Mariuzza, R.A. / Margulies, D.H.
履歴
登録2004年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE AMINO ACID SEQUENCE OF CHAIN A IS TRANSLATED FROM THE M144 OPEN READING FRAME AS FOUND ...SEQUENCE THE AMINO ACID SEQUENCE OF CHAIN A IS TRANSLATED FROM THE M144 OPEN READING FRAME AS FOUND IN MCMV GENOME, ACCESSION NUMBER NC_004065.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC-I homolog m144
B: beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0122
ポリマ－40,0122
非ポリマー00
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.400, 51.200, 71.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC-I homolog m144


分子量: 28351.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
属: Muromegalovirus / 遺伝子: m144 / プラスミド: pET21-b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2Q6L5*PLUS
#2: タンパク質 beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET21-b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 31981890, UniProt: P01887*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 20K, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 39025 / Num. obs: 36627 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A6Z

1a6z


解像度: 1.9→41.14 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.229 3518 RANDOM
Rwork0.211 --
all-35397 -
obs-35397 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.66 Å20 Å2-3.97 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3---1.27 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2567 0 0 290 2857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 553 -
Rwork0.272 --
obs-4972 90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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