+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u4n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Analysis of the M211S/R215L EST2 mutant | ||||||
要素 | CARBOXYLESTERASE EST2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | De Simone, G. / Menchise, V. / Alterio, V. / Mandrich, L. / Rossi, M. / Manco, G. / Pedone, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: The Crystal Structure of an EST2 Mutant Unveils Structural Insights on the H Group of the Carboxylesterase/Lipase Family. 著者: De Simone, G. / Menchise, V. / Alterio, V. / Mandrich, L. / Rossi, M. / Manco, G. / Pedone, C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: A Snapshot of the Transition State Analogue of a Novel Thermophilic Esterase Belonging to the Subfamily of Mammalian Hormone-Sensitive Lipase 著者: De Simone, G. / Galdiero, S. / Manco, G. / Lang, D. / Rossi, M. / Pedone, C. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: A Substrate-Induced Switch in the Reaction Mechanism of a Thermophilic Esterase: Kinetic Evidences and Structural Basis. 著者: De Simone, G. / Mandrich, L. / Menchise, V. / Giordano, V. / Febbraio, F. / Rossi, M. / Pedone, C. / Manco, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u4n.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1u4n.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4n | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1evqS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34250.820 Da / 分子数: 1 / 変異: M211S, R215L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア) プラスミド: PT7-7SCII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIG1 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, Tris/HCl, Magnesium Chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 17360 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 87.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EVQ 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å /
|