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- PDB-1u1w: Structure and function of phenazine-biosynthesis protein PhzF fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u1w
タイトルStructure and function of phenazine-biosynthesis protein PhzF from Pseudomonas fluorescens 2-79
要素Phenazine biosynthesis protein phzF
キーワードISOMERASE / LYASE / phenazine biosynthesis / acid/base catalysis / closed form
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / trans-2,3-dihydro-3-hydroxy-anthranilate isomerase activity / phenazine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / ACETATE ION / Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure and function of the phenazine biosynthetic protein PhzF from Pseudomonas fluorescens.
著者: Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Data collection
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein phzF
B: Phenazine biosynthesis protein phzF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0307
ポリマ－64,5132
非ポリマー5165
水12,232679
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.600, 99.860, 57.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1030-

HOH

21B-967-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein phzF


分子量: 32256.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: phzF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys S / 参照: UniProt: Q51792
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-3HA / 3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / 2-AMINO-3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシアントラニル酸


分子量: 153.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: preincubation with ligand, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.00133 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月7日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00133 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→20 Å / Num. all: 116176 / Num. obs: 116176 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
XDデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1u1v

1u1v


解像度: 1.35→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.717 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1503 5844 5 %RANDOM
Rwork0.11844 ---
obs0.12005 110280 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 36 679 4963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0214628
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0670.024220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0581.9516329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.75639774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4375608
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.040.025391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0680.02969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2820.25227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.360.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2581.52944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.00424755
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.22531684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9344.51574
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.40524628
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.3852679
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.34924504
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 447
Rwork0.222 7962
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53650.1154-0.26380.19210.00380.30910.00030.03070.03740.0070.0231-0.0017-0.0325-0.0284-0.02350.0086-0.0032-0.00350.02990.02040.03027.09430.99324.816
20.2185-0.01790.12160.1287-0.12741.0904-0.01170.038-0.0032-0.02940.0376-0.02250.1385-0.0388-0.0260.0453-0.022-0.00870.02380.01140.005617.10710.3141.796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 27821 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1AE700
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 27821 - 298
4X-RAY DIFFRACTION2BF701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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