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万見
- PDB-1u0m: Crystal Structure of 1,3,6,8-Tetrahydroxynaphthalene Synthase (TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u0m
タイトルCrystal Structure of 1,3,6,8-Tetrahydroxynaphthalene Synthase (THNS) from Streptomyces coelicolor A3(2): a Bacterial Type III Polyketide Synthase (PKS) Provides Insights into Enzymatic Control of Reactive Polyketide Intermediates
要素putative polyketide synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / type III polyketide synthase / PKS / bacterial / thiolase fold / alpha-beta-alpha-beta-alpha fold / catalytic triad / CHS-like / THNS / tetrahydroxynaphthalene synthase / chalcone/stilbene synthase superfamily / malonyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene synthase / polyketide biosynthetic process / melanin biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, AB INITIO PHASING / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Austin, M.B. / Izumikawa, M. / Bowman, M.E. / Udwary, D.W. / Ferrer, J.L. / Moore, B.S. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a bacterial type III polyketide synthase and enzymatic control of reactive polyketide intermediates
著者: Austin, M.B. / Izumikawa, M. / Bowman, M.E. / Udwary, D.W. / Ferrer, J.L. / Moore, B.S. / Noel, J.P.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative polyketide synthase
B: putative polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5826
ポリマ－83,3392
非ポリマー3,2444
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.679, 69.685, 81.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Chains A and B constitute the biological homodimeric assembly

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要素

#1: タンパク質 putative polyketide synthase


分子量: 41669.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: SCO1206 / プラスミド: pHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9FCA7
#2: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, Magnesium chloride, Na+MOPSO- buffer, sucrose, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.0718,1.0713,0.9050
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月8日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07181
21.07131
30.9051
反射解像度: 2.2→40.4 Å / Num. all: 37126 / Num. obs: 37126 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 42.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, AB INITIO PHASING
解像度: 2.22→40.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3024240.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Initial low-resolution experimental phases obtained using SOLVE and a separate 2.9 Angstrom Pt-derivative MAD data set. A THNS homology model (based on CHS structure) was then manually fit ...詳細: Initial low-resolution experimental phases obtained using SOLVE and a separate 2.9 Angstrom Pt-derivative MAD data set. A THNS homology model (based on CHS structure) was then manually fit and rebuilt into the resulting 3.9 Angstrom electron density. This rebuilt model was subsequently refined only against the higher 2.2 Angstrom native data set deposited here.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1854 5 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.255 37126 --
obs0.253 37126 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.0123 Å2 / ksol: 0.374354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.03 Å20 Å22.3 Å2
2---13.79 Å20 Å2
3----11.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→40.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5306 0 50 148 5504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 137 4.5 %
Rwork0.352 2905 -
obs-3042 42.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION315P.PARAM15P.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NEW_GOL.PARAMNEW_GOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CISGLY_THNS.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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