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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u04 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of full length Argonaute from Pyrococcus furiosus | ||||||
要素 | hypothetical protein PF0537仮説 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/GENE REGULATION / RNAi (RNA干渉) / Silencing / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / PIWI / PAZ / RISC / Slicer / RNase H (リボヌクレアーゼH) / HYDROLASE-GENE REGULATION COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Song, J.J. / Smith, S.K. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Argonaute and Its Implications for RISC Slicer Activity 著者: Song, J.J. / Smith, S.K. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u04.cif.gz | 146.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u04.ent.gz | 121.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/1u04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/1u04 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91441.305 Da / 分子数: 1 / 変異: K4I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 株: DSM 3638 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21RIPL / 参照: UniProt: Q8U3D2 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / pH: 8 詳細: alcohol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 8.00 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.979036 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→38.17 Å / Num. obs: 48822 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→38.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1695436.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.1711 Å2 / ksol: 0.327326 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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