PDB-1tzq: Crystal structure of the equinatoxin II 8-69 double cysteine mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tzq

タイトル

Crystal structure of the equinatoxin II 8-69 double cysteine mutant

要素

Equinatoxin II

キーワード

TOXIN / beta-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinia equina (ウメボシイソギンチャク)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kristan, K. / Podlesek, Z. / Hojnik, V. / Gutirrez-Aguirre, I. / Guncar, G. / Turk, D.A. / Gonzalez-Maas, J.M. / Lakey, J.H. / Anderluh, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Pore formation by equinatoxin, a eukaryotic pore-forming toxin, requires a flexible N-terminal region and a stable beta-sandwich
著者: Kristan, K. / Podlesek, Z. / Hojnik, V. / Gutierrez-Aguirre, I. / Guncar, G. / Turk, D.A. / Gonzalez-Manas, J.M. / Lakey, J.H. / Macek, P. / Anderluh, G.

履歴

登録	2004年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tzq.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tzq.ent.gz	33.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/1tzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/1tzq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1iazS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bpg-3 4wdc-d 5gwf-3 3vwi-2 1o71-2 3w9p-2 3vwi-4 3zwj-2 3zwg-7 1gwy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Equinatoxin II

19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.585, 52.682, 39.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Equinatoxin II / EqtII 分子量: 19451.025 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-179 / 変異: V8C, K69C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinia equina (ウメボシイソギンチャク) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61914
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, ammonium sulphate, Na-acetate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 289 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
MAIN	精密化
HKL-2000	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IAZ

1iaz

解像度: 2.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.274	289	RANDOM
R_work	0.192	-	-
all	0.195	6147	-
obs	0.195	6089	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1373	0	0	82	1455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	o_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_deg	1.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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