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- PDB-1tzh: Crystal Structure of the Fab YADS1 Complexed with h-VEGF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tzh
タイトルCrystal Structure of the Fab YADS1 Complexed with h-VEGF
要素
  • Fab YADS1 Heavy Chain
  • Fab YADS1 Light Chain
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードIMMUNE SYSTEM / phage display / antibody library / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / lung vasculature development / vascular wound healing / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of protein localization to early endosome / endothelial cell chemotaxis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / neuropilin binding / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / surfactant homeostasis / platelet-derived growth factor receptor binding / sprouting angiogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / epithelial cell maturation / endothelial cell proliferation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / cardiac muscle cell development / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / fibronectin binding / monocyte differentiation / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / mammary gland alveolus development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / neuroblast proliferation / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fellouse, F.A. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Synthetic antibodies from a four-amino-acid code: A dominant role for tyrosine in antigen recognition
著者: Fellouse, F.A. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Phage-displayed antibody libraries of synthetic heavy chain complementarity determining regions
著者: Sidhu, S.S. / Li, B. / Chen, Y. / Fellouse, F.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCES OF Fab YADS1 Light Chain and Fab YADS1 heavy Chain ...SEQUENCE THE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCES OF Fab YADS1 Light Chain and Fab YADS1 heavy Chain are not yet available in any reference sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: Vascular endothelial growth factor A
W: Vascular endothelial growth factor A
A: Fab YADS1 Light Chain
B: Fab YADS1 Heavy Chain
L: Fab YADS1 Light Chain
H: Fab YADS1 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5706
ポリマ－118,5706
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12860 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area46840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.269, 76.269, 112.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細For VEGF, the biological assembly is chain V and W, linked by a disulfide bridge. For the Fab VEGF complex, the biological assembly is all chains.

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF / h-VEGF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGF, VEGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#2: 抗体 Fab YADS1 Light Chain


分子量: 23035.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 16C9
#3: 抗体 Fab YADS1 Heavy Chain


分子量: 24300.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 16C9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月6日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 41883 / Num. obs: 41828 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 54.378 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4162 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The VEGF from pdb entry 1VPF. The Fab from an in-house determined structure.

1vpf


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 12.721 / SU ML: 0.265 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.595 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27105 2105 5 %RANDOM
Rwork0.21172 ---
all0.21478 39704 --
obs0.2147 39617 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.16 Å20 Å2-2.47 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7994 0 0 110 8104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0218195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.95211149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.815316586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3351040
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.27976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.25119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2650.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8272.55217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.35158447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.062.52978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.54452702
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.655 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 124 -
Rwork0.29 2210 -
obs-2210 96.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1878-3.0196-1.276810.0867-2.31965.03040.3716-0.0838-0.4131-0.4435-0.27890.99010.9695-1.9194-0.09270.2303-0.3625-0.11951.3681-0.18210.290937.1694-6.4615120.5419
24.239-1.5216-0.14334.4217-1.08312.4814-0.0419-0.03480.42510.54690.29260.5983-0.5284-1.2168-0.25080.59360.42060.16361.4084-0.01520.552129.482518.5904145.0434
31.8167-0.315-0.07541.161.04744.96450.09780.1740.2905-0.1963-0.2799-0.1185-0.6657-1.5510.18210.27220.2332-0.04110.77690.0330.316247.403110.5997109.7901
42.02730.40261.89032.0803-1.36245.1111-0.0513-0.14550.07380.55540.22660.0485-0.5855-0.7198-0.17530.64720.4971-0.0070.9258-0.12360.379745.413920.7336141.8901
50.84230.2596-0.08461.16510.20933.8732-0.1277-0.1424-0.12990.1303-0.0771-0.14510.4518-0.21950.20480.3694-0.0225-0.01070.14180.00150.389620.804-13.903628.6984
61.90661.7215-0.05343.07910.22970.61070.03530.0725-0.0487-0.1352-0.0915-0.18670.02450.1060.05620.31130.0267-0.00780.1087-0.01010.437837.8637-2.4177-0.236
70.9906-0.0539-0.14420.81440.06893.9913-0.1046-0.30170.19230.1205-0.0375-0.0947-0.5239-0.16930.14210.46250.0844-0.14040.1753-0.08410.388620.69017.971934.5106
81.86310.3553-0.63791.7337-0.10792.2848-0.03950.2724-0.0405-0.04620.1328-0.1975-0.2188-0.2077-0.09340.30010.020900.13680.00330.405325.55927.49890.3653
91.96220.49763.49040.82620.46295.23840.2213-0.4580.0471-0.1873-0.1537-0.00580.2677-0.2841-0.06760.26990.03620.01280.4979-0.00150.247438.4751-5.053775.8914
103.0132-0.01062.61810.46390.24335.7033-0.1712-0.95080.0759-0.1127-0.12960.1161-0.1222-1.07070.30070.27990.083-0.03030.6031-0.06260.248723.0674-1.652171.3351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2L110 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4H122 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6A110 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 121
8X-RAY DIFFRACTION8B122 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9V14 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10W14 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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