PDB-1tzd: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF INOSITOL 1,4,5-TRISPHO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tzd

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 3-KINASE

要素

Inositol-trisphosphate 3-kinase A

キーワード

TRANSFERASE / INOSITOL KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-trisphosphate 3-kinase / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic actin cytoskeleton / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Miller, G.J. / Hurley, J.H.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the catalytic core of inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase
著者: Miller, G.J. / Hurley, J.H.

履歴

登録	2004年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2013年6月19日	Group: Refinement description
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tzd.cif.gz	125.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tzd.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1tzd_validation.pdf.gz	1006.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1tzd_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1tzd_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	1tzd_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/1tzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/1tzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dui-d 2g5g-d 3u1y-1 3nro-1 4atf-2 3uhm-d 6mn4-6 6itm-2 6a5w-2 7ci6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inositol-trisphosphate 3-kinase A

B: Inositol-trisphosphate 3-kinase A

ヘテロ分子

64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inositol-trisphosphate 3-kinase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inositol-trisphosphate 3-kinase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.679, 98.535, 188.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Inositol-trisphosphate 3-kinase A / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate 3-kinase A / IP3K A / IP3 3-kinase A 分子量: 31791.094 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic core / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Itpka / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3) / 参照: UniProt: P17105, inositol-trisphosphate 3-kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.2M AMMONIUM sulfate, 0.2M SODIUM FORMATE, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 32563

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 7.827 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3052	1640	5 %	RANDOM
R_work	0.25748	-	-	-
obs	0.25992	30923	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3913	0	55	377	4345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	1.986	5245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.956	3	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.844	15	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.429	0.3	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.495	0.5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.384	0.3	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.278	0.5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.702	1.5	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.262	2	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.121	3	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.194	4.5	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.349	94
R_work	0.251	2255

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3174	-1.003	-0.7411	3.3731	-2.3361	5.4459	-0.1836	-0.71	0.6649	1.2588	0.1236	-0.3044	-1.28	0.5751	0.06	0.5964	0.1492	-0.0734	0.4765	-0.0739	0.2764	29.979	25.339	-13.593
2	4.0185	-0.4233	-2.529	2.8283	0.0888	4.4689	-0.1785	-0.1025	-0.0924	0.4148	0.135	0.4465	-0.0021	-0.3018	0.0435	0.1356	0.1277	0.0978	0.1908	0.0378	0.168	15.142	18.784	-22.241
3	16.0779	-1.3083	-17.5876	5.6295	-1.0366	10.3311	0.6496	-2.6219	0.9855	1.8223	-0.8607	-0.1202	0.104	1.248	0.2111	0.6758	0.0013	0.1629	0.8482	-0.0307	0.3225	7.179	21.238	0.696
4	11.4504	2.1338	2.1552	7.4474	2.6833	8.154	0.9538	0.1673	0.305	-0.1244	-0.3999	-0.8072	-0.095	-0.6788	-0.5539	0.5606	0.2069	0.2028	0.6638	0.1629	0.5168	-3.471	33.521	-6.646
5	-4.1156	-4.184	2.8031	5.1096	6.8182	17.2171	0.0032	-0.0268	-0.3523	0.3531	-0.0166	-0.4705	-0.6156	-0.4237	0.0135	0.3377	0.1414	0.1697	0.5577	0.0427	0.4485	1.777	25.646	-12.024
6	2.6008	1.0041	-1.3426	7.0981	0.3476	3.1368	-0.2717	-0.9892	-0.3537	1.1899	0.1821	-1.0957	-0.0831	1.1514	0.0896	0.3982	0.2032	-0.1403	0.6802	-0.007	0.272	9.464	62.456	-18.564
7	3.0215	-0.6494	-1.9519	2.2105	-0.4619	4.356	-0.399	-0.2284	-0.425	0.289	0.1736	0.0022	0.3742	0.3137	0.2254	0.1537	0.1507	0.0722	0.1789	0.0186	0.1211	2.29	52.617	-33.272
8	16.9527	-4.1545	2.5635	11.5478	1.7434	-2.4962	-1.2533	0.7161	0.5801	0.3286	0.3259	-2.251	-0.503	1.4681	0.9273	0.3106	0.0551	0.0391	0.7463	0.1737	0.6045	24.591	59.464	-42.211
9	4.5875	5.0506	-1.6115	8.7721	-1.9146	5.2134	-0.4999	-0.1095	-1.0441	-0.256	-0.2122	-2.267	0.1926	0.9648	0.7121	0.6402	0.1536	0.1233	0.9724	0.2497	1.075	26.479	41.645	-43.284
10	40.2224	28.1249	-3.7563	19.7405	5.0243	-0.9321	-0.0696	-1.1488	-1.4483	0.0244	-0.4333	-2.8576	0.3155	0.1615	0.5029	0.4138	0.3271	0.1772	0.4915	0.1715	0.7849	17.798	47.392	-41.991
11	0.0227	-0.6996	0.299	0.9982	-0.5021	-0.132	-0.1058	-0.1486	-0.0074	0.2573	0.0989	-0.0693	-0.0426	0.0262	0.0069	0.4843	0.0494	0.0898	0.5721	-0.0098	0.413	11.436	38.025	-25.684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	203 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	255 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	322 - 457
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 2
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	268 - 278
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	279 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	311 - 321
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	203 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	255 - 267
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	322 - 457
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	268 - 278
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	279 - 304
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	311 - 321
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	460 - 639
16	X-RAY DIFFRACTION	11	B	460 - 656

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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